Το Π.Μ.Σ. είναι πλήρους φοίτησης και υποδιαιρείται σε τρία (3) εξάμηνα σπουδών. Στο 1ο εξάμηνο προσφέρονται έξι (6) υποχρεωτικά μαθήματα και στο 2ο εξάμηνο προσφέρονται πέντε (5) υποχρεωτικά μαθήματα. Κάθε μάθημα αντιστοιχεί σε πέντε ή έξι πιστωτικές μονάδες - 5-6 ECTS σύμφωνα με τον πίνακα που ακολουθεί. Κατά τη διάρκεια του τρίτου εξαμήνου εκπονείται η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία, η οποία αντιστοιχεί σε (26) είκοσι έξι πιστωτικές μονάδες - ECTS και ένα υποχρεωτικό μάθημα που αντιστοιχεί σε (4) τέσσερις πιστωτικές μονάδες -ECTS.

Το ενδεικτικό πρόγραμμα σπουδών έχει ως εξής:

Α' Εξάμηνο

• Υπολογιστικές Μέθοδοι για Μηχανικούς. (5 ECTS)
• Υπολογιστική ρευστοδυναμική με εφαρμογές στη Ναυπηγική και τη Ναυτική μηχανολογία (5 ECTS)
• Ειδικά Θέματα Ναυτικών Μηχανών Diesel & Φυσικού Αερίου (5 ECTS)
• Σύγχρονες αισθητήριες διατάξεις πλοίου (5 ECTS)
• Δομική Σχεδίαση Πλοίου (5 ECTS)
• Διοίκηση Ναυτιλιακών Επιχειρήσεων (5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο

• Έλεγχος Ταλαντώσεων σε Εγκαταστάσεις Πρόωσης Πλοίου (6 ECTS)
• Υδροδυναμική συμπεριφορά πλοίου σε θαλάσσιους κυματισμούς (6 ECTS)
• Προηγμένος Τρισδιάστατος Σχεδιασμός Συστημάτων Πλοίου (6 ECTS)
• Τεχνολογία Προστασίας από την Διάβρωση (6 ECTS)
• Ναυτιλιακή Χρηματοοικονομική (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Γ' Εξάμηνο 

• Μεθοδολογία Επιστημονικής Έρευνας (4 ECTS)
• Εκπόνηση Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (26 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Επιπλέον, θα προσφέρονται σε μηνιαία βάση μαθήματα σε θέματα τεχνολογιών αιχμής στο πλαίσιο σεμιναρίου στο οποίο θα διδάσκουν προσκεκλημένοι ομιλητές από την ημεδαπή και αλλοδαπή.

Η συγγραφή της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας πραγματοποιείται στην ελληνική γλώσσα. Μπορεί να γραφτεί στην αγγλική γλώσσα μετά από αίτηση του μεταπτυχιακού φοιτητή με σύμφωνη γνώμη του επιβλέποντος και έγκριση από τη Συνέλευση.