Η δομή του Μεταπτυχιακό στη Εκπαιδευτική Ψυχολογία περιλαμβάνει δυο διακριτά και ταυτοχρόνως συμπληρωματικά συστατικά στοιχεία: τα δέκα μαθήματα κορμού και τα δύο μαθήματα επιλογής. Οι φοιτητές που θα επιλέξουν την εκπόνηση διπλωματικής εργασίας απαλλάσσονται από την παρακολούθηση και εξέταση των δύο μαθημάτων επιλογής.

Α' Εξάμηνο 

• Γνωστική, Συναισθηματική και Κοινωνική Ανάπτυξη δια βίου (7,5 ECTS)
• Μεθοδολογία Έρευνας και Στατιστική (7,5 ECTS)
• Συμβουλευτική στη Σχολική Κοινότητα (7,5 ECTS)
• Ανεξάρτητη Ερευνητική Μελέτη (7,5 ECTS) 

Β' Εξάμηνο 

• Μάθηση: Θεωρητικές Προσεγγίσεις και Εκπαιδευτικές Εφαρμογές (7,5 ECTS)
• Γλωσσική Ανάπτυξη και Γραμματισμός (7,5 ECTS)
• Ανεξάρτητη Ερευνητική Μελέτη II (7,5 ECTS)
• Σχολικό Πλαίσιο και Ταυτότητες Φύλου κατά την Εφηβεία (7,5 ECTS)
• Διπλωματική Εργασία Ι (Επιλογής) (7,5 ECTS)

Γ' Εξάμηνο 

• Πολυπολιτισμικές διαστάσεις της Συμπεριφοράς (7,5 ECTS)
• Προσωπικότητα: Θεωρητικές Προσεγγίσεις και η Εξελικτική Διαδρομή (7,5 ECTS)
• Μαθησιακές Δυσκολίες (7,5 ECTS)
• Εξελικτική Ψυχοπαθολογία (7,5 ECTS)
• Διπλωματική Εργασία ΙΙ (Επιλογής) (7,5 ECTS)