Για το Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης, οι φοιτητές υποχρεούνται να παρακολουθήσουν τα παρακάτω μαθήματα και σειρά σεμιναρίων από ειδικούς που προέρχονται από το χώρο της βιομηχανίας ή άλλων εκπαιδευτικών ιδρυμάτων του Δημόσιου Τομέα. Η επιλογή των ανωτέρω θα γίνει σύμφωνα με τις διατάξεις του ν. 4485/2017. Πέραν τούτων, ο μεταπτυχιακός φοιτητής υποχρεούται σε δίμηνη πρακτική άσκηση σε επιχειρήσεις τροφίμων ή συμβούλων ή φορείς πιστοποίησης ή σε εργαστήρια. Το σύνολο των Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. ανέρχονται σε ενενήντα (90). Το πρόγραμμα των μαθημάτων διαμορφώνεται ανά κατεύθυνση ως εξής:

Ι) Κατεύθυνση «Συστήματα Διαχείρισης Ποιότητας και Ασφάλειας Τροφίμων»

Το πρώτο εξάμηνο περιλαμβάνει την παρακολούθηση πέντε (5) μαθημάτων από τα παρακάτω, τα οποία η Συντονιστική Επιτροπή επιλέγει για τους μεταπτυχιακούς φοιτητές ανάλογα με τις προπτυχιακές σπουδές τους, και την παρακολούθηση των Σεμιναρίων, τα οποία συνολικά αντιστοιχούν σε τριάντα (30) ECTS.

Το δεύτερο εξάμηνο περιλαμβάνει την παρακολούθηση των πέντε (5) υποχρεωτικών μαθημάτων της κατεύθυνσης καθώς και την παρακολούθηση των Σεμιναρίων, τα οποία συνολικά αντιστοιχούν σε τριάντα (30) ECTS.

Α' Εξάμηνο 

• Σχεδίαση και ανάλυση Πειραμάτων (4 ECTS)
• Μικροβιολογία τροφίμων και εφαρμοσμένη μικροβιολογία (6 ECTS)
• Χημεία τροφίμων (6 ECTS)
• Βιοχημεία τροφίμων (6 ECTS)
• Μηχανική τροφίμων (6 ECTS)
• Βιοπολυμερή (ή Υδροκολλοειδή) τροφίμων (6 ECTS)
• Νομοθεσία και συστήματα διαχείρισης ασφάλειας τροφίμων (HACCP) (6 ECTS)
• Τροφιμογενή νοσήματα και δηλητηριάσεις (6 ECTS)
• Στατιστικός έλεγχος ποιότητας (SPC) (6 ECTS)
• Προαπαιτούμενα Προγράμματα (GHP) (6 ECTS)
• Οργάνωση και διοίκηση επιχειρήσεων τροφίμων (6 ECTS)
• Οικονομικά επιχειρήσεων τροφίμων (6 ECTS)
• Επιστήμη γάλακτος (6 ECTS)
• Σεμινάρια (2 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο 

• Πρότυπα συστημάτων διαχείρισης ποιότητας και ασφάλειας τροφίμων (6 ECTS)
• Σύγχρονες μέθοδοι μικροβιολογικής ανάλυσης (6 ECTS)
• Ανάλυση επικινδυνότητας - Ποσοτική μικροβιολογία τροφίμων (6 ECTS)
• Συστήματα ολοκληρωμένης διαχείρισης (5 ECTS)
• Επιθεώρηση συστημάτων διαχείρισης (5 ECTS)
• Σεμινάρια (2 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

ΙΙ) Κατεύθυνση «Επεξεργασία, Συντήρηση και Βιοτεχνολογικές Διεργασίες Τροφίμων - Ανάπτυξη Προϊόντων Βιοοικονομίας»

Το πρώτο εξάμηνο περιλαμβάνει την παρακολούθηση πέντε (5) μαθημάτων από τα παρακάτω, τα οποία η Συντονιστική Επιτροπή επιλέγει για τους μεταπτυχιακούς φοιτητές ανάλογα με τις προπτυχιακές σπουδές τους, και την παρακολούθηση των Σεμιναρίων, τα οποία συνολικά αντιστοιχούν σε τουλάχιστον τριάντα (30) ECTS.

Το δεύτερο εξάμηνο περιλαμβάνει την παρακολούθηση ενός υποχρεωτικού, τριών (3) μαθημάτων της κατεύθυνσης τα οποία η Συντονιστική Επιτροπή επιλέγει για τους μεταπτυχιακούς φοιτητές ανάλογα με τον προσανατολισμό τους, και των Σεμιναρίων, τα οποία συνολικά αντιστοιχούν σε τουλάχιστον τριάντα (30) ECTS.

Α' Εξάμηνο 

• Σχεδίαση και ανάλυση πειραμάτων (4 ECTS)
• Μικροβιολογία τροφίμων και εφαρμοσμένη μικροβιολογία (6 ECTS)
• Χημεία τροφίμων (6 ECTS)
• Βιοχημεία τροφίμων (6 ECTS)
• Μηχανική τροφίμων (6 ECTS)
• Βιοπολυμερή (ή υδροκολλοειδή) τροφίμων (6 ECTS)
• Νομοθεσία και συστήματα διαχείρισης ασφάλειας τροφίμων (HACCP) (6 ECTS)
• Συσκευασία τροφίμων (6 ECTS)
• Διαχείριση αποβλήτων βιομηχανιών τροφίμων (6 ECTS)
• Ενζυμικές και μικροβιακές διεργασίες στα τρόφιμα (6 ECTS)
• Οργάνωση και διοίκηση επιχειρήσεων τροφίμων (6 ECTS)
• Οικονομικά επιχειρήσεων τροφίμων (6 ECTS)
• Σεμινάρια (2 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο 

• Σχεδιασμός γραμμών παραγωγής τροφίμων, βιοδιεργασιών και βιοδιυλιστηρίων (υποχρεωτικό) (7 ECTS)
• Προχωρημένα μαθήματα συντήρησης-επεξεργασίας τροφίμων (7 ECTS)
• Προχωρημένα μαθήματα μηχανικής τροφίμων - Υπολογιστική ρευστοδυναμική (7 ECTS)
• Ανάπτυξη Νέων Προϊόντων (7 ECTS)
• Υπολογιστική Βελτιστοποίηση Βιοδιεργασιών (7 ECTS)
• Μηχανική βιοδιεργασιών και βιοδιυλιστηρίων (7 ECTS)
• Βιομηχανική βιοτεχνολογία (7 ECTS)
• Σεμινάρια (2 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ΄ Εξάμηνο (κοινό για τις κατευθύνσεις)

Στο Γ΄ Εξάμηνο σπουδών εντάσσονται η Πρακτική Άσκηση (4 ECTS), η παρακολούθηση Σεμιναρίων (2 ECTS) και η εκπόνηση και συγγραφή της Μεταπτυχιακής Ερευνητικής Μελέτης (24 ECTS), τα οποία συνολικά αντιστοιχούν σε τριάντα (30) ECTS.