Κάθε μάθημα (εκτός της διπλωματικής εργασίας) περιλαμβάνει τρεις ώρες διδασκαλίας εβδομαδιαίως επί οκτώ εβδομάδες.  Σε ορισμένα μαθήματα απαιτείται η διεξαγωγή εργαστηριακών ασκήσεων.  Για τη διπλωματική εργασία καθορίζεται ως ελάχιστος ενδεικτικός χρόνος οι 20 ώρες εβδομαδιαίως.  Η παρακολούθηση των μαθημάτων και των εργαστηριακών ασκήσεων είναι υποχρεωτική.

Κάθε επιτυχώς εξεταζόμενο μάθημα πιστώνεται στους φοιτητές με 4 διδακτικές μονάδες (δηλαδή 8 μαθήματα x 4 διδακτικές μονάδες = 32 διδακτικές μονάδες για το σύνολο μαθημάτων).  Η διπλωματική εργασία συνολικά πιστώνεται με 28 διδακτικές μονάδες. Επομένως για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. απαιτούνται εξήντα διδακτικές μονάδες (32+28).

Α΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

1. Μικροβιακή Ποικιλότητα
2. Μικροοργανισμοί ως κυτταρικά εργοστάσια
3. Ενζυμική Βιοτεχνολογία
4. Πρότυπα μικροβιακά συστήματα - μοριακοί μηχανισμοί

Β΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

1. Συμβιωτικοί μικροοργανισμοί - Γενετικά Τροποποιημένοι Οργανισμοί (Genetically Modified Organisms: GMO)
2. Μικροβιακή διαχείριση αποβλήτων και ρυπαντών (Microbial treatment of waste water and environmental pollutants)
3. Μηχανισμοί αλληλεπίδρασης μικροβίων με ανώτερους οργανισμούς (Microorganism – plant interaction mechanisms and their role in “new” agriculture)
4. Ανάλυση γονιδιωμάτων μικροοργανισμών και Μοριακή Εξέλιξη - in silico προσεγγίσεις (Genome analysis and its role in pathogen control or in the utilization of new genes)

Γ΄& Δ΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

1. Αρχές Συστημικής και Συνθετικής Βιολογίας
2. Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (Postgraduate Research Thesis: MSc Thesis)