Κατά τη διάρκεια των σπουδών, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται σε παρακολούθηση και επιτυχή εξέταση των μεταπτυχιακών μαθημάτων και σε εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας. Το Π.Μ.Σ. είναι πλήρους φοίτησης και κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής υποχρεούται να παρακολουθήσει και να εξεταστεί επιτυχώς συνολικά σε δώδεκα (12) μαθήματα. Κατά το Α΄ και το Β΄ εξάμηνο οι φοιτητές υποχρεούνται να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς σε μαθήματα που αντιστοιχούν σε τριάντα (30) πιστωτικές μονάδες ECTS ανά εξάμηνο σπουδών (έξι (6) υποχρεωτικά μαθήματα κατά το Α΄ εξάμηνο και έξι (6) υποχρεωτικά μαθήματα κατά το Β" εξάμηνο). Κατά το Γ" εξάμηνο οι φοιτητές πρέπει να εκπονήσουν μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία, η οποία αντιστοιχεί σε τριάντα (30) πιστωτικές μονάδες ECTS. 

Για την απόκτηση Μ.Δ.Ε. απαιτούνται ενενήντα (90) πιστωτικές μονάδες ECTS.

Η γλώσσα διδασκαλίας είναι η ελληνική. 

Α΄ εξάμηνο – Υποχρεωτικά μαθήματα 
Α/Α Μάθημα Πιστωτικές Μονάδες (ECTS) 

• Α1 Ολοκληρωμένη Διαχείριση Εσωτερικών Υδάτων και Υδραυλικών Έργων Πολλαπλού Σκοπού (Πηγές- Διαθέσιμοι Υδατικοί Πόροι και Χρήσεις Νερού, Δίκτυα Ύδρευσης, Έργα Εγγείων Βελτιώσεων, Φράγματα, Υδραυλική Ενέργεια) 5 
• Α2 Θαλάσσια και Παράκτια Υδραυλική, Τεχνολογίες Χωροθέτησης-Διαστασιολόγησης Λιμενικών Έργων & Έργων Διαχείρισης Παράκτιων Ζωνών 5 
• Α3 Προχωρημένες Τεχνικές Υδρολογίας και Υδρομηχανικής, Υδρομηχανικές Εκτιμήσεις Δυναμικού Φυσικών και Ανθρωπογενών Υδατορρευμάτων 5 
• Α4 Τεχνολογίες Παραγωγής Ενέργειας από Υδατοπτώσεις - Σχεδιασμός Μικρών Υδροηλεκτρικών Σταθμών Πολλαπλής Σκοπιμότητας 5 
• Α5 Χερσαία και Θαλάσσια Αιολικά Πάρκα - Λιμενικά Έργα και Συστήματα Ήπιων Μορφών Ενέργειας (Η.Μ.Ε.) - Τεχνολογίες Υβριδικών Συστημάτων, Αιολικής και Ηλιακής Αντλησιοταμίευση 5 
• Α6 Αισθητική-Αρχιτεκτονική Συστημάτων Νερού και Ήπιων Μορφών Ενέργειας (Η.Μ.Ε.) και Διαχείριση Υδροτεχνολογικού Πολιτιστικού Αποθέματος 5 

Σύνολο 30 

Β΄ εξάμηνο – Υποχρεωτικά μαθήματα 
Α/Α Μάθημα Πιστωτικές Μονάδες (ECTS) 

• Β1 Τεχνολογίες Παραγωγής Ενέργειας σε Θαλάσσιο Περιβάλλον-Τεχνολογίες Θαλάσσιων Υδροηλεκτρικών Έργων Κυματικού και Παλιρροιακού Δυναμικού 5 
• Β2 Δυναμική των Κατασκευών Έργων Ήπιων Μορφών Ενέργειας (Η.Μ.Ε.) και Αξιοπιστία Λειτουργίας τους (Υδροηλεκτρικά Έργα, Ανεμογεννήτριες, Χερσαία και Θαλάσσια Αιολικά Πάρκα) 5 
• Β3 Τεχνολογίες Περιβαλλοντικής Υδροενεργειακής Μηχανικής (Μελέτες Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων, Οικονομοτεχνικές Προσεγγίσεις, Αειφορία και Κλιματικές Αλλαγές, Επίλυση Συγκρουσιακών Καταστάσεων)Tεχνικές Βελτιστοποίησης & Πολυκριτηριακής Λήψης Αποφάσεων 5 
• Β4 Tεχνολογίες Γεωγραφικών Συστημάτων Πληροφοριακών (G.I.S.)-Υδροπληροφορική 5 
• Β5 Τεχνολογίες Υπολογιστικής ΡευστοδυναμικήςC.F.D. 5 
• Β6 Γεωπολιτική του Νερού και της Ενέργειας - Τεχνολογίες Aξιοποίησης Ενεργειακών Διαθεσίμων & Εξόρυξης Υδρογονανθράκων 5 

Σύνολο 30 

Γ΄ εξάμηνο – Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία 
Α/Α Μάθημα Πιστωτικές Μονάδες (ECTS) 
Γ1 Εκπόνηση Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας 30