Για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. απαιτούνται συνολικά ενενήντα (90) πιστωτικές μονάδες (ECTS), οι οποίες κατανέμονται ισομερώς στα τρία (3) εξάμηνα σπουδών, δηλαδή τριάντα (30) ECTS ανά εξάμηνο. 
Η κατανομή των μαθημάτων είναι η εξής: 
Οι υποψήφιοι υποχρεούται να παρακολουθήσουν από τα μαθήματα κορμού, το ελάχιστο, τρία από την ομάδα Α και ένα από την ομάδα Β. 
Σημειώνεται ότι ο ελάχιστος αριθμός φοιτητών που πρέπει να δηλώσουν ένα μάθημα επιλογής ώστε να προσφερθεί είναι τρεις (3). 
Τα μαθήματα προσφέρονται στην Ελληνική Γλώσσα με δυνατότητα διδασκαλίας και στην Αγγλική Γλώσσα.

Α' ΕΞΑΜΗΝΟ

Επιλέγονται 2 από τα παρακάτω μαθήματα κορμού

• Α1 Εμβάθυνση στα Φαινόμενα Μεταφοράς 7 ECTS
• Α2 Θερμοδυναμική 7 ECTS
• Β1 Φυσικοχημεία Μοριακών και Μικρομοριακών Συστημάτων 7 ECTS
• Β2 Αριθμητικές Μέθοδοι στη Χημική Μηχανική 7 ECTS

Επιλέγονται 2 από τα παρακάτω μαθήματα επιλογής

• Ε1 Προηγμένες Γενικευμένες Μέθοδοι Πρόβλεψης Θερμοφυσικών Ιδιοτήτων 6 ECTS
• Ε2 Προηγμένες Μέθοδοι Μέτρησης στη Χημική Μηχανική 6 ECTS
• Ε3 Αρχές της Κατάλυσης και Εφαρμογές σε Ενεργειακές και Περιβαλλοντικές Διεργασίες 6 ECTS
• Ε4 Μικροβιακή Βιοτεχνολογία και Τρόφιμα 6 ECTS
• Ε5 Γενετική Μηχανική 6 ECTS
• Ε7 Νανοϊατρική και Ιατρική Μηχανική 6 ECTS

Σύνολο: 2 Κορμού +2 Επιλογής 30 ECTS

Β' ΕΞΑΜΗΝΟ

Επιλέγονται 2 από τα παρακάτω μαθήματα κορμού

• Α3 Ανάλυση και Σχεδιασμός Αντιδραστήρων 7 ECTS
• Α4 Προηγμένες Μέθοδοι Σχεδιασμου και Βελτιστοποίησης Συσκευών Διεργασιών και Συστημάτων Παραγωγής 7 ECTS
• Β3 Βιοχημεία 7 ECTS
• Β4 Σχεδιασμός και Τεχνολογία Υλικών 7 ECTS

Επιλέγονται 2 από τα παρακάτω μαθήματα επιλογής

• Ε6 Νανοδομές και Φυσικοχημεία Χαλαρής Ύλης 6 ECTS
• Ε8 Σύγχρονες Μέθοδοι Σύνθεσης και Ανάλυσης Βιοδραστικών Ενώσεων και Εφαρμογές 6 ECTS
• Ε9 Τεχνολογία Νερού και Υδάτινων Αποβλήτων 6 ECTS
• Ε10 Τοξικά Χημικά και Απόβλητα-Ολοκληρωμένες Μέθοδοι Διαχείρισης 6 ECTS
• Ε11 Βιώσιμα Συστήματα Ενέργειας και Υλικών από Βιομάζα 6 ECTS
• Ε12 Βιοϋλικά 6 ECTS

Σύνολο: 2 Κορμού +2 Επιλογής 30 ECTS

Γ' Εξάμηνο

Εκπόνηση Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας 30

Γενικό Σύνολο Πιστωτικών Μονάδων ΠΜΣ  90