Τα μαθήματα του Δ.Π.Μ.Σ. εντάσσονται σε δύο κατηγορίες: Υποχρεωτικά Μαθήματα και Μαθήματα Επιλογής.

Για την απόκτηση Δ.Μ.Σ.  απαιτείται η επιτυχής επίδοση σε τουλάχιστον τρία (3) υποχρεωτικά μαθήματα και σε έως τρία (3) μαθήματα επιλογής, καθώς και η εκπόνηση Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας. Στη Μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία αντιστοιχούν 30 (τριάντα) πιστωτικές μονάδες. 

Σε κάθε μάθημα αντιστοιχούν δέκα (10) πιστωτικές μονάδες.

ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ ΜΑΘΗΜΑΤΑ

• Ανάλυση και Υπολογιστική Πινάκων (10 Π.Μ.)
• Επιστημονικός/Παράλληλος Υπολογισμός (10 Π.Μ.)
• Εφαρμοσμένη συναρτησιακή ανάλυση (10 Π.Μ.)
• Μερικές Διαφορικές Εξισώσεις (ΜΔΕ) (10 Π.Μ.)
• Σειρές Fourier - Μιγαδική Ανάλυση (10 Π.Μ.)
• Προχωρημένη Αριθμητική Ανάλυση (10 Π.Μ.)
• Αριθμητικές Μέθοδοι για Μερικές Διαφορικές Εξισώσεις (10 Π.Μ.)
• Πολυμεταβλητή Στατιστική (10 Π.Μ.)

ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΕΠΙΛΟΓΗΣ

• Μέθοδοι Ανάπτυξης Εφαρμογών Υψηλών Επιδόσεων (10 Π.Μ.)
• Θεωρία Αλγορίθμων (10 Π.Μ.)
• Προχωρημένα Θέματα Διακριτών Μαθηματικών (10 Π.Μ.)
• Θεωρία Επαναληπτικών Μεθόδων (10 Π.Μ.)
• Πραγματική ανάλυση και Θεωρία Μέτρου (10 Π.Μ.)
• Στοχαστικά Χρηματοοικονομικά (10 Π.Μ.)
• Υπολογιστικές Μέθοδοι στη Ρευστοδυναμική (10 Π.Μ.)
• Ειδικά Θέματα Υπολογιστικών Μαθηματικών (10 Π.Μ.)
• Ειδικά Θέματα Εφαρμοσμένων Μαθηματικών (10 Π.Μ.)
• Μάθημα από άλλο Π.Μ.Σ. (10 Π.Μ.)

Για την απόκτηση Δ.Μ.Σ. απαιτείται και η εκπόνηση Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας. Στη Μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία αντιστοιχούν 30 (τριάντα) πιστωτικές μονάδες. 

Είναι δυνατή η αντικατάσταση της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας από δύο (2) μαθήματα του καταλόγου μαθημάτων και μια (1) Συνθετική Μεταπτυχιακή Διπλωματική εργασία, η οποία ισοδυναμεί με δέκα (10) πιστωτικές μονάδες. 

Η γλώσσα διδασκαλίας των μαθημάτων, εκπόνησης και εξέτασης των διατριβών και άλλων εργασιών είναι η Ελληνική, ενώ υπάρχει η δυνατότητα διδασκαλίας κάποιων μαθημάτων του Προγράμματος και στην Αγγλική μετά από απόφαση της  Ε.Δ.Ε..

Η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία κάθε φοιτητή,  εφόσον αυτή θεωρηθεί πλήρης από τον επιβλέποντα καθηγητή, οφείλει να  υποστηριχθεί ανοικτά επιτυχώς ενώπιον τριμελούς επιτροπής στο Πολυτεχνείο Κρήτης. Μεταπτυχιακές Διπλωματικές Εργασίες, πλην των συνθετικών, γίνονται αποδεκτές προς υποστήριξη αφού έχει συγγραφεί και κατατεθεί σχετικό ερευνητικό άρθρο για παρουσίαση σε διεθνές επιστημονικό συνέδριο ή για δημοσίευση σε διεθνές επιστημονικό περιοδικό.