Tο MΔE περιλαμβάνει θεωρητική διδασκαλία (60 διδακτικές μονάδες/ECTS), και μεταπτυχιακή διατριβή (30 διδακτικές μονάδες/ECTS), η οποία πραγματοποιείται με μεταπτυχιακή έρευνα σε θεματική ενότητα που επιλέγεται από τον υποψήφιο και εντάσσεται στα επιστημονικά ενδιαφέροντα των συμμετεχόντων στο ΠΜΣ μελών ΔΕΠ. Η χρονική διάρκεια ανάπτυξης των δραστηριοτήτων αυτών εκτείνεται σε τρία εξάμηνα.

Η θεωρητική διδασκαλία καλύπτει τα δύο πρώτα εξάμηνα. Tα μαθήματα είναι εξαμηνιαία και προβλέπονται ώρες διδασκαλίας με μορφή θεωρητικών διαλέξεων και μαθήματα με μορφή σεμιναρίων για την ενίσχυση των βασικών μαθημάτων του προγράμματος σπουδών. 

Η δομή του προγράμματος είναι η ακόλουθη:

Α` Εξάμηνο 

• Οικολογία (6 ECTS)
• Βιοχημεία της Διατροφής (6 ECTS)
• Γενετικά Τροποποιημένοι Οργανισμοί στη Διατροφή και το Περιβάλλον (6 ECTS)
• Διατροφή (6 ECTS)
• Διασφάλιση Ποιότητας (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β` Εξάμηνο 

• Διατροφική και Περιβαλλοντική Μικροβιολογία (6 ECTS)
• Βιοστατιστική - Επιδημιολογία (6 ECTS)
• Διατροφική και Περιβαλλοντική Τοξικολογία (6 ECTS)
• Ποιοτικές και Ποσοτικές Μέθοδοι Ανάλυσης - Βιοδείκτες (6 ECTS)
• Τεχνολογία Τροφίμων (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ` Εξάμηνο 

• Διατριβή Μεταπτυχιακής Ειδίκευσης (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Η γλώσσα διδασκαλίας του Π.Μ.Σ. είναι η Ελληνική. Η γλώσσα εκπόνησης διπλωματικής εργασίας είναι η Ελληνική. Υπάρχει όμως η δυνατότητα συγγραφής στην αγγλική γλώσσα κατόπιν απόφασης της Συντονιστικής Επιτροπής.