Η επιτυχής ολοκλήρωση του προγράμματος περιλαμβάνει την παρακολούθηση και εξέταση έξι (6) μαθημάτων και την εκπόνηση διπλωματικής εργασίας εξειδίκευσης, καθώς και την επιτυχή συμμετοχή σε πανεπιστημιακή ανασκαφή.

Συγκεκριμένα το πρώτο εξάμηνο ο φοιτητής υποχρεούται να παρακολουθήσει δύο υποχρεωτικά μαθήματα και ένα μάθημα επιλογής από τρία προσφερόμενα, ενώ το δεύτερο εξάμηνο ένα ακόμα υποχρεωτικό μάθημα και δύο επιλογής από τέσσερα προσφερόμενα. Το υποχρεωτικό μάθημα του εαρινού εξαμήνου θα είναι σπονδυλωτού χαρακτήρα. Κάθε μεταπτυχιακό μάθημα έχει βαρύτητα 10 πιστωτικών μονάδων (ECTS) (Συνολική βαρύτητα 60 πιστωτικών μονάδων).

Κατά τη διάρκεια της θερινής περιόδου, ο φοιτητής-τρια υποχρεούται να συμμετάσχει σε ανασκαφή που διεξάγει ή στην οποία μετέχει ο/η διδάσκων-ουσα του Τομέα Αρχαιολογίας, η οποία προσδίδει 30 πιστωτικές μονάδες. Στο τρίτο εξάμηνο ο φοιτητής υποχρεούται να εκπονήσει μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία ειδίκευσης. Η εργασία, έκτασης 20.000-30.000 λέξεων (εκτός βιβλιογραφίας), θα πρέπει να παραδίδεται στο τέλος του γ’ εξαμήνου, και έχει βαρύτητα 30 πιστωτικών μονάδων (ECTS).

Ένα ενδεικτικό πρόγραμμα σπουδών με τις αντίστοιχες πιστωτικές μονάδες παρατίθεται στον παρακάτω πίνακα:

1ο εξάμηνο

Υποχρεωτικά μαθήματα

• Αρχαιολογική έρευνα πεδίου: θεωρία και πράξη (10 ECTS)
• Ενάλια αρχαιολογία (10 ECTS)

Μαθήματα υποχρεωτικά κατ’ επιλογή

• Θέματα Προϊστορικής Αρχαιολογίας Ι (10 ECTS)
• Θέματα Κλασικής Αρχαιολογίας Ι (10 ECTS)
• Θέματα Βυζαντινής αρχαιολογίας Ι (10 ECTS)

Απαιτούνται τα υποχρεωτικά και ένα μάθημα κατ’ επιλογή (σύνολο 30 ECTS)

2ο εξάμηνο

Υποχρεωτικά μαθήματα

• Σπονδυλωτό (10 ECTS)

Μαθήματα υποχρεωτικά κατ’ επιλογή

• Θέματα Προϊστορικής Αρχαιολογίας ΙΙ (10 ECTS)
• Θέματα Κλασικής Αρχαιολογίας IΙ (10 ECTS)
• Θέματα Βυζαντινής αρχαιολογίας IΙ (10 ECTS)
• Θέματα ενάλιας αρχαιολογίας (10 ECTS​​​​​​​)

Απαιτούνται το υποχρεωτικό και δύο μαθήματα κατ’ επιλογή (σύνολο 30 ECTS)

Θερινή περίοδος

• Συμμετοχή σε αρχαιολογική έρευνα πεδίου (30 ECTS)

3o εξάμηνο

• Εκπόνηση διπλωματικής εργασίας (30 ECTS)