Στο Πρόγραμμα Σπουδών τα μαθήματα είναι εξαμηνιαία και κάθε κύκλος σπουδών που οδηγεί σε Δ.Μ.Σ. περιλαμβάνει διδακτική απασχόληση (θεωρία, φροντιστηριακές ασκήσεις) ερευνητική απασχόληση και ασκήσεις. Η γλώσσα διδασκαλίας ορίζεται η ελληνική ή η αγγλική. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές πρέπει να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς σε δεκαπέντε (15) υποχρεωτικά μαθήματα καθώς και να εκπονήσουν τη μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία ή υποχρεωτική παρακολούθηση και επιτυχή εξέταση σε τέσσερα (4) μαθήματα επιλογής που ισοδυναμούν με την εκπόνηση διπλωματικής εργασίας. Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων για την απόκτηση του Δ.Μ.Σ. ανέρχεται σε 90 πιστωτικές μονάδες.

Τα μαθήματα και η κατανομή τους ανά εξάμηνο παρουσιάζονται παρακάτω:

Α' Εξάμηνο 

• Διοίκηση Επιχειρήσεων-Δημόσιος Τομέας (5 ECTS)
• Οικονομική Πολιτική και Λογιστική Διαχείριση (5 ECTS)
• Ειδικά θέματα Λογιστικής και Δημόσιου Λογιστικού (5 ECTS)
• Δημόσιο/Διοικητικό Δίκαιο (5 ECTS)
• Φορολογικό Δίκαιο Ι (5 ECTS)
• Ειδικά θέματα Χρηματοοικονομικής Διοίκησης Ιδιωτικού και Δημοσίου Τομέα (5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο 

• Ελεγκτική Επιχειρήσεων και Δημόσιων Οργανισμών (5 ECTS)
• Λογιστικά Πρότυπα-Δημόσιος Τομέας (5 ECTS)
• Διοίκηση Κόστους Επιχειρήσεων και Δημοσίων Οργανισμών (5 ECTS)
• Ελεγκτικά Ευρήματα και Ανάλυση Οικονομικών Καταστάσεων (5 ECTS)
• Διαχείριση Κινδύνων και Εσωτερικός Έλεγχος (5 ECTS)
• Φορολογικό Δίκαιο II (5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ' Εξάμηνο 

• Διεθνή Πρότυπα Ελέγχου (5 ECTS)
• Στρατηγικό Μάνατζμεντ (5 ECTS)
• Λογιστική Διαχείριση Διεταιρικών Συναλλαγών (5 ECTS)
• Εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας Ή τέσσερα (4) από τα παρακάτω μαθήματα επιλογής (15 ECTS):
  - Στατιστική Ανάλυση Δεδομένων (3,75 ECTS)
  - Αποτίμηση Επιχειρήσεων και Δημοσίων Οργανισμών (3,75 ECTS)
  - Ειδικά θέματα Δικαίου Επιχειρήσεων (3,75 ECTS)
  - Ειδικά θέματα Χρηματοπιστωτικών Αγορών (3,75 ECTS)
  - Ειδικά θέματα Εσωτερικού Ελέγχου (3,75 ECTS)
  - Οικονομικό Έγκλημα (3,75 ECTS)
  - Εφαρμογές Λογιστικών Προβλέψεων (3,75 ECTS)
  - Οικονομοτεχνική Ανάλυση Επιχειρήσεων και Οργανισμών (3,75 ECTS)
  - Πρακτική Άσκηση (3,75 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Τα μαθήματα επιλογής διδάσκονται ανεξαρτήτου αριθμού φοιτητών που θα τα επιλέξουν και παρέχεται η δυνατότητα παρακολούθησης τους στο σύνολο τους από φοιτητές και πτυχιούχους του ΠΜΣ.

Η τροποποίηση του προγράμματος μαθημάτων και η ανακατανομή των μαθημάτων τόσο μεταξύ των εξαμήνων όσο και στο επιπλέον εξάμηνο σπουδών του προγράμματος μερικής φοίτησης, μπορεί να γίνει με αποφάσεις των αρμοδίων οργάνων και θα περιλαμβάνονται στον Κανονισμό Μεταπτυχιακών Σπουδών. Με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος είναι δυνατόν να γίνεται συνδιδασκαλία μαθημάτων διαφορετικών ΠΜΣ του Τμήματος και προκαταρκτικά μαθήματα στους φοιτητές του προγράμματος ανάλογα με το υπόβαθρο και το πρώτο πτυχίο τους.