Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων (ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. ανέρχονται σε 120. Τα μαθήματα πραγματοποιούνται στην Αγγλική γλώσσα. Η διπλωματική εργασία, η οποία γράφεται στην αγγλική γλώσσα, κατατίθεται στο τέλος του Δ' εξαμήνου με την οριστική μορφή της και υποστηρίζεται στο Πανεπιστημιακό Ίδρυμα που επιλέγεται από τον φοιτητή (μεταξύ των τεσσάρων), και θα βαθμολογείται από την τριμελή συμβουλευτική επιτροπή του. 

Το αναλυτικό πρόγραμμα σπουδών του κοινού ΠΜΣ παρατίθεται παρακάτω. 

Α΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

(Οι μισοί φοιτητές στο Πανεπιστήμιο Paris Descartes των Παρισίων και οι μισοί στο Πανεπιστήμιο Πατρών) 

• Εισαγωγή στις Φαρμακευτικές Επιστήμες (3 ECTS) 
• Προ-μορφοποίηση και Σχεδιασμός Φαρμακοτεχνικών Μορφών  (3 ECTS) 
• Συμβατικές Φαρμακοτεχνικές Μορφές (9 ETCS) 
• Ειδικά Θέματα Φαρμακευτικής Τεχνολογίας (6 ECTS) 
• Πρακτική Εφαρμογή Φαρμακοτεχνικών Μορφών (6 ECTS) 
• Προηγμένες Φαρμακοτεχνικές Μορφές (3 ECTS) 

*εντατικές Εργαστηριακές ασκήσεις θα πραγματοποιηθούν για όλους τους φοιτητές στο Πανεπιστήμιο Paris Descartes των Παρισίων, τις 2 τελευταίες εβδομάδες του εξαμήνου. 

Β΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

(στο Πανεπιστήμιο Paris Descartes των Παρισίων, και (μετά) σε ένα από τα 4 Πανεπιστήμια) 

• Εισαγωγή στα Νανοφάρμακα (στο Παν. Παρισίων) (9 ECTS) 
• Προχωρημένη Βιολογία-Φαρμακευτική Βιοτεχνολογία Advanced Biology-Pharmaceutical Biotechnology (in PD) (3 ECTS) 
• 3-μηνη Εργαστηριακή Εργασία (σε ένα από τα 4 Πανεπιστήμια) (15 ECTS) 
• Εαρινό Σχολείο-Εργαστήριο [NANOMED] (σε κάθε ένα Πανεπιστήμιο ανά έτος) (3 ECTS) 

Γ΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

(Οι μισοί φοιτητές στο Πανεπιστήμιο Angers (FR) και οι μισοί στο Πανεπιστήμιο Pavia (IT)) 

• Νανοφάρμακα: Εφαρμογές και Κανονιστικές Διατάξεις (για συμβατικά και βιολογικά Φάρμακα) (5 ECTS) 
• Σεμινάρια Προσωπικής Ανάπτυξης (2 ECTS) 
• Specialization in Nanomedicines (broken down in 4 different courses which cover all the aspects of Nanomedicine Development and Special Issues of analysis, targeting, vaccines etc) (23 ECTS) 

Δ΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

(Σε ένα από τα 4 Πανεπιστήμια, ή σε συνεργαζόμενο Ίδρυμα) 

• ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ (30 ECTS)