Το σύνολο των Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του Δ.Μ.Σ. ανέρχονται σε ενενήντα (90). Το πρότυπο πρόγραμμα διαμορφώνεται ως εξής:

Α' Εξάμηνο

• Χερσαία και Θαλάσσια Οικοσυστήματα (12 ECTS)
• Βιοποικιλότητα, Εξέλιξη και Προσαρμογές (6 ECTS)
• Ανάλυση Βιολογικών Δεδομένων (6 ECTS)
• Υδατοκαλλιέργειες και Αλιευτική Βιολογία (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο 

• Εργαστηριακές Ασκήσεις και Δεξιότητες (5 ECTS)
• Βιβλιογραφική Έρευνα (10 ECTS)
• Εκπόνηση Ερευνητικού Σχεδίου (15 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ' Εξάμηνο

• Εκπόνηση, συγγραφή και παρουσίαση Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Ο μεταπτυχιακός φοιτητής πρέπει να συγκεντρώσει: (α) τριάντα (30) πιστωτικές μονάδες από την επιτυχή παρακολούθηση μαθημάτων, (β) τριάντα (30) πιστωτικές μονάδες από την επιτυχή συμμετοχή του σε εργαστηριακές ασκήσεις και δεξιότητες κατά το δεύτερο εξάμηνο σπουδών, καθώς και από την επιτυχή εκπόνηση του ερευνητικού του έργου και της βιβλιογραφικής έρευνας, και (γ) τριάντα (30) πιστωτικές μονάδες από τη συγγραφή και παρουσίαση Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας.

Τροποποίηση του προγράμματος μαθημάτων μπορεί να επέλθει με αποφάσεις οργάνων και με αναφορά στον κανονισμό μεταπτυχιακών σπουδών.