Πρόγραμμα Μαθημάτων 
Για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. απαιτείται η επιτυχής ολοκλήρωση 12 μαθημάτων (6 κύρια μαθήματα και 6 μαθήματα ειδίκευσης), η εκπόνηση Διπλωματικής Εργασίας και η επιτυχής παρακολούθηση 2 σεμιναρίων. Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων που απαιτούνται για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. ανέρχονται σε 90 (ECTS) προερχόμενες οι 60 πιστωτικές μονάδες (ECTS) από τα 12 μαθήματα, οι 4 πιστωτικές μονάδες (ECTS) από τα 2 σεμινάρια και οι 26 πιστωτικές μονάδες (ECTS) από τη Διπλωματική Εργασία. 

Α΄ Εξάμηνο: Μαθήματα Υποδομής (5 υποχρεωτικά μαθήματα + 1 μάθημα επιλογής) 
Μαθήματα Α΄ Εξαμήνου 
(5 Υποχρεωτικά και 1 Επιλογής) Κατηγορία Πιστωτικές Μονάδες (ECTS) 
ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ 

1. Πληροφορική Τεχνολογία και Προγραμματισμός Η/Υ ΥΠΟ 5 
2. Εισαγωγή στην Τεχνολογία Αυτοματισμού ΥΠΟ 5 
3. Ναυτική Τεχνολογία ΥΠΟ 5 
4. Ολοκληρωμένα Συστήματα Μεταφορών ΥΠΟ 5 
5. Οικονομική - Ναυτιλιακή Οικονομική και Μάνατζμεντ ΥΠΟ 5 

ΕΠΙΛΟΓΗΣ (ένα εκ των δύο) 

1. Πράσινη Ναυτιλία ΕΠΙ 5 
2. Ναυτικό Δίκαιο ΚΑΙ Οργανισμοί ΕΠΙ 5 

ΣΥΝΟΛΟ 30 

Β΄ Εξάμηνο: Μαθήματα Κατευθύνσεων (5 υποχρεωτικά μαθήματα + 1 μάθημα επιλογής) 
Μαθήματα Β΄ Εξαμήνου 
Κατεύθυνση (ΚΙ): Πληροφοριακά Συστήματα και Διαχείριση στη Ναυτιλία και τις Μεταφορές 
(5 Υποχρεωτικά ΚΑΙ 1 Επιλογής) Κατηγορία Πιστωτικές Μονάδες (ECTS) 
ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ 

1. Ποσοτική Ανάλυση Δεδομένων στη Ναυτιλία και τις Μεταφορές ΥΠΟ 5 
2. Επιχειρηματικότητα, Καινοτομία και Ανθρώπινοι Πόροι ΥΠΟ 5 
3. Ναυτικά Πληροφοριακά Συστήματα και Η-Εμπόριο ΥΠΟ 5 
4. Εφοδιαστική και Διοίκηση Ολικής Ποιότητας ΥΠΟ 5 
5. Μέθοδοι Έρευνας ΥΠΟ 5 

ΕΠΙΛΟΓΗΣ (ένα εκ των τριών) 

1. Εφαρμογές Λογισμικού-Βάσεις Δεδομένων και Τεχνολογίες Web ΕΠΙ 5 
2. Ναυτιλία και Ασφάλεια ΕΠΙ 5 

Πληροφοριακά Συστήματα και Επιχειρηματικές Εφαρμογές στις Μεταφορές ΕΠΙ 5 
ΣΥΝΟΛΟ 30 

Μαθήματα Β΄ Εξαμήνου 
Κατεύθυνση (Κ2): Τεχνολογία και Αυτοματισμοί στη Ναυτιλία και τις Μεταφορές 
(5 Υποχρεωτικά ΚΑΙ 1 Επιλογής) Κατηγορία Πιστωτικές Μονάδες (ECTS) 
ΥΠΟΧΡΕΩΤΙΚΑ 

1. Τεχνολογία Αισθητήρων και Μηχατρονική ΥΠΟ 5 
2. Μελέτη και Σχεδίαση Ναυτικών Αυτοματισμών ΥΠΟ 5 
3. Συστήματα Επικοινωνιών στη Ναυτιλία ΥΠΟ 5 
4. Συστήματα Επιτήρησης και Ελέγχου ΥΠΟ 5 
5. Μέθοδοι Έρευνας ΥΠΟ 5 

ΕΠΙΛΟΓΗΣ (ένα εκ των δύο) 

1. Προχωρημένα θέματα Συστημάτων Ελέγχου ΕΠΙ 5 
2. Ενσωματωμένα Συστήματα ΕΠΙ 5 

ΣΥΝΟΛΟ 30 

Γ΄ Εξάμηνο: Διπλωματική Εργασία 
Μαθήματα Γ΄ Εξαμήνου (κοινά για τις δύο κατευθύνσεις) Πιστωτικές Μονάδες (ECTS) 

1. Διπλωματική Εργασία 26 
2. Σεμινάρια Εμβάθυνσης Γνώσης (επιλογή 2 σεμιναρίων) 4 

Δ. Σεμινάρια 
Μαθήματα Σεμιναρίων Πιστωτικές Μονάδες (ECTS) 

1. Οικονομική Μεταφορών 2 
2. G.I.S. στη Ναυτιλία και Μεταφορές 2 
3. Συστήματα Λιμένων 2 
4. Συστήματα Υποστήριξης Αποφάσεων 2 
5. Στρατηγική Ναυτιλιακών Επιχειρήσεων 2 
6. Ναυτιλιακή Χρηματοοικονομική 2 
7. Ραδιοναυτιλία-Ραντάρ 2 

Ε. Προπαρασκευαστική περίοδος 
Κατεύθυνση: Πληροφοριακά Συστήματα και Διαχείριση στη Ναυτιλία και τις Μεταφορές 

1. Διοίκηση Επιχειρήσεων 
2. Ναυτιλιακή Λογιστική 
3. Νέες Τεχνολογίες και Επιχειρήσεις 

Κατεύθυνση: Τεχνολογία και Αυτοματισμοί στη Ναυτιλία και τις Μεταφορές 

1. Επιστήμη Η/Υ 
2. Ηλεκτρονική και Ψηφιακή Τεχνολογία 
3. Σήματα και Συστήματα 

Όσοι/ες από τους/τις επιλεγέντες/είσες δεν έχουν διδαχθεί, σε προπτυχιακό επίπεδο, τα ανωτέρω προαπαιτούμενα μαθήματα θα έχουν τη δυνατότητα παρακολούθησης τους σε εντατικά προπαρασκευαστικά τμήματα, πριν την έναρξη των κανονικών μαθημάτων του Π.Μ.Σ. Για την παρακολούθηση των μαθημάτων καταβάλλεται πρόσθετο κόστος που ορίζεται από την Ε.Δ.Ε. του Π.Μ.Σ. 
Το αναλυτικό περιεχόμενο κάθε μαθήματος θα διαμορφώνεται κάθε φορά από τον/την αντίστοιχο/η διδάσκοντα/σκουσα σύμφωνα με τη διεθνή βιβλιογραφία και πρακτική και θα εγκρίνεται από την Ε.Δ.Ε. 
Οι απόφοιτοι των Σχολών ΑΕΝ θα παρακολουθήσουν, κατά την προπαρασκευαστική περίοδο, τα μαθήματα και των δύο κατευθύνσεων (σύνολο μαθημάτων 6). 

Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία 
Ο κύκλος της διδακτικής και ερευνητικής απασχόλησης των φοιτητών/τριών θα ολοκληρώνεται με την εκπόνηση διπλωματικής εργασίας στο τελευταίο εξάμηνο της φοίτησης τους σε εγκεκριμένο από την Ε.Δ.Ε. θέμα, ανάλογα με την κατεύθυνση που έχει επιλέξει ο/η κάθε φοιτητής/φοιτήτρια. Το θέμα της διπλωματικής εργασίας υποβάλλεται στη Γραμματεία του Π.Μ.Σ. με την έναρξη του Γ΄ Εξαμήνου σύμφωνα με τον κανονισμό λειτουργίας. Η διπλωματική εργασία εξετάζεται από Τριμελή Επιτροπή ΔΕΠ/ΕΠ του Π.Μ.Σ.