Στο ΔΠΜΣ ΕΜΕ δίνεται η δυνατότητα στους μεταπτυχιακούς φοιτητές να επιλέξουν από ένα σύνολο μαθημάτων που διακρίνονται σε υποχρεωτικά ροής (Υ), υποχρεωτικά κατ’ επιλογή ροής (KEY) και ελεύθερης επιλογής (Ε). Κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής:

- Παρακολουθεί τα 2 υποχρεωτικά της ροής (ECTS=2X8=16).

- Επιλέγει από 4 μέχρι 6 υποχρεωτικά κατ’ επιλογή ροής (ΕΟΤ8=από 4X6=24 μέχρι 6X6=36).

- Επιλέγει 1 από τα μαθήματα που προσφέρουν οι συνεργαζόμενες Σχολές

- Συμπληρώνει τα υπόλοιπα ECTS από τα συνολικά ελάχιστα απαιτούμενα 30 ECTS σε κάθε εξάμηνο από όλα τα υπόλοιπα προσφερόμενα μαθήματα. Επίσης μπορεί μεταπτυχιακός φοιτητής, μετά από συνεννόηση με τον σύμβουλο σπουδών και έγκριση της αίτησης του από την ΕΔΕ, να ζητήσει να παρακολουθήσει μέχρι δύο το πολύ μαθήματα από άλλο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΙΓΜΣ) ή ΔΠΜΣ, τα οποία εμπίπτουν στο περιεχόμενο του παρόντος ΔΠΜΣ και είναι συμβατά με αυτό. Στην αίτηση του θα πρέπει να αναφέρει τη Σχολή ή το Τμήμα στο οποίο ανήκει το ΠΜΣ, τον τίτλο του κάθε μαθήματος, την ύλη, τον διδάσκοντα και τις ώρες διδασκαλίας/εβδομάδα. Σε περίπτωση έγκρισης η ΕΔΕ καθορίζει τον αριθμό των πιστωτικών μονάδων (ECTS) κάθε μαθήματος. Το δελτίο βαθμολογίας μετά την εξέταση θα πρέπει να σταλεί επίσημα από την Γραμματεία του ΠΜΣ, που προσφέρει τα μαθήματα, στην Γραμματεία του παρόντος ΔΠΜΣ. Τα μαθήματα αυτά λογίζονται μόνο ως μαθήματα ελεύθερης επιλογής.

- Η ανάληψη μεταπτυχιακής ΔΕ μπορεί να γίνει μετά το τέλος του πρώτου έτους σπουδών, με την προϋπόθεση ότι ο μεταπτυχιακός φοιτητής έχει ως τότε εξεταστεί επιτυχώς τουλάχιστον στα μισά από τα μεταπτυχιακά μαθήματα του ΔΠΜΣ. Η γλώσσα συγγραφής της μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας είναι η ελληνική ή η αγγλική και ορίζεται με απόφαση της ΕΔΕ. Σε κάθε περίπτωση, η μεταπτυχιακή ΔΕ θα περιλαμβάνει εκτεταμένη περίληψη στην ελληνική και την αγγλική γλώσσα.

Ροή Α: Ανάλυση και Διαφορικές Εξισώσεις

Υποχρεωτικά μαθήματα

• Συναρτησιακή Ανάλυση
• Μερικές Διαφορικές Εξισώσεις 

Υποχρεωτικά μαθήματα κατ’επιλογή

• Θεωρία Μέτρου
• Μη-γραμμική Συναρτησιακή Ανάλυση
• Γενική Τοπολογία
• Θεωρία Τελεστών
• Πιθανότητες
• Μη Γραμμικά Συστήματα και Έλεγχος
• Προβλήματα Βελτιστοποίησης και Μεταβολικές Αρχές της Μαθηματικής Φυσικής 
• Οικονομικά Μαθηματικά (Θεωρία Ισορροπίας)
• Δυναμικά Συστήματα
• Τοπικά Ευκλείδειες Γεωμετρίες
• Άλγεβρες Lie και ομάδες Lie

Ροή Β: Υπολογιστικά Μαθηματικά

Υποχρεωτικά μαθήματα

• Αριθμητική Ανάλυση
• Πεπερασμένες Διαφορές και Πεπερασμένα Στοιχεία για ΜΔΕ

Υποχρεωτικά μαθήματα κατ’επιλογή

• Μη-γραμμική Ανάλυση
• Μη Γραμμικά Συστήματα και Έλεγχος
• Στοχαστικές ΔΕ και Εφαρμογές στα Χρηματοοικονομικά
• Συναρτησιακή Ανάλυση
• Προβλήματα Βελτιστοποίησης και Μεταβολικές αρχές της Μαθηματικής Φυσικής
• Ανάλυση Πινάκων
• Επιχειρησιακή Ερευνα Ι

Ροή Γ: Πιθανότητες και Στατιστική

Υποχρεωτικά μαθήματα

• Πιθανότητες
• Γενικευμένα Γραμμικά Μοντέλα

Υποχρεωτικά μαθήματα κατ’επιλογή

• Στοχαστικές Διαδικασίες
• Θεωρία Μέτρου
• Στοχαστικές ΔΕ και Εφαρμογές στα Χρηματοοικονομικά
• Στατιστικοί Σχεδιασμοί
• Υπολογιστική Στατιστική και Στοχαστική Βελτιστοποίηση
• Στατιστικός Έλεγχος Ποιότητας
• Μπεύζιανή Στατιστική και MCMC
• Ανάλυση Επιβίωσης και Αξιοπιστίας
• Επιχειρησιακή Ερευνα Ι

Ροή Δ: Μαθηματικά της Πληροφορικής

Υποχρεωτικά μαθήματα

• Αλγόριθμοι
• Μαθηματική Λογική

Υποχρεωτικά μαθήματα κατ’επιλογή

• Απεικόνιση Γραφημάτων
• Υπολογιστική Κρυπτογραφία
• Μηχανική Μάθηση
• Προχωρημένα Θέματα Κρυπτογραφίας
• Τεχνορύθμιση και Επιστήμη των Δεδομένων
• Αλγόριθμοι Δικτύων και Πολυπλοκότητα
• Προχωρημένα Θέματα Αλγορίθμων
• Υπολογιστική Κρυπτογραφία
• Υπολογιστική Πολυπλοκότητα
• Ειδικά Θέματα Αλγορίθμων (Αλγοριθμική Επιστήμη Δεδομένων)
• Περιγραφική Πολυπλοκότητα
• Μοντέλα Υπολογισμού και Πολυπλοκότητα, αυτόματα και Τυπικές Γλώσσες.

Ροή Ε: Αλγεβρικές, Γεωμετρικές και Τοπολογικές Δομές

Υποχρεωτικά μαθήματα

• Γεωμετρική Τοπολογία
• Άλγεβρα.

Υποχρεωτικά μαθήματα κατ’επιλογή

• Τοπικά Ευκλείδειες Γεωμετρίες
• Θεωρία Κόμβων Τοπολογία Χαμηλών Διαστάσεων και Εφαρμογές
• Ανάλυση Πινάκων
•  Άλγεβρες Lie και ομάδες Lie

Κανονισμός Σπουδών