Το Π.Μ.Σ. ξεκινά το χειμερινό εξάμηνο εκάστου ακαδημαϊκού έτους. Για την απόκτηση του Δ.M.Σ απαιτούνται συνολικά ενενήντα (90) πιστωτικές μονάδες (ECTS). Κατά τη διάρκεια των σπουδών, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται σε παρακολούθηση και επιτυχή εξέταση έντεκα (11) μεταπτυχιακών μαθημάτων και σε εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής ερευνητικής εργασίας.

Η διδασκαλία των μαθημάτων γίνεται διά ζώσης. Με απόφαση της ΣΕ μπορεί να πραγματοποιείται και από απόσταση, σε ποσοστό όμως που δεν μπορεί να υπερβεί το 10% των διδακτικών ωρών ανά εξάμηνο. Τα μαθήματα οργανώνονται σε εξάμηνα, πραγματοποιούνται σε εβδομαδιαία βάση και διεξάγονται στην ελληνική (ή σε ειδικές περιπτώσεις στην αγγλική γλώσσα).

Με πρόταση της ΣΕ και έγκριση από τη Συνέλευση του Τμήματος και τη Σύγκλητο του ΕΚΠΑ είναι δυνατή η αναθεώρηση / τροποποίηση του Προγράμματος Σπουδών (πρόσθεση ή αφαίρεση μαθημάτων, ανακατανομή των μαθημάτων μεταξύ των εξαμήνων, κ.α.). Η οποιαδήποτε μεταβολή ανακοινώνεται πριν την έναρξη του ακαδημαϊκού έτους.

Με την έναρξη των μαθημάτων κάθε εξαμήνου και εντός των ημερομηνιών που ανακοινώνονται από τη Γραμματεία του Π.Μ.Σ., οι φοιτητές υποχρεούνται να δηλώσουν στη Γραμματεία του Π.Μ.Σ. τα μαθήματα τα οποία προτίθενται να παρακολουθήσουν το τρέχον εξάμηνο.

Α. Το πρόγραμμα των μαθημάτων διαμορφώνεται ως εξής:

Α' Εξάμηνο 

• Φυσική Ατμόσφαιρας (Ηλιακή και Γήινη ακτινοβολία Θερμοδυναμική της ατμόσφαιρας) (6 ECTS)
• Δυναμική των γεωφυσικών ρευστών (6 ECTS)
• Μέθοδοι ανάλυσης δεδομένων (6 ECTS)
• Αριθμητικές μέθοδοι – εφαρμογές στα γεωφυσικά ρευστά (2 ώρες + 2 εργαστήριο) (6 ECTS)
• Ατμοσφαιρική Φυσική και Χημεία (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο 

• Μέθοδοι και Όργανα Περιβαλλοντικών μετρήσεων (εργαστήριο) (5 ECTS)
• Δυναμική Ατμόσφαιρας (5 ECTS)

και τέσσερα από τα παρακάτω:

• Ατμοσφαιρικό Οριακό Στρώμα (5 ECTS)
• Συνοπτική Μετεωρολογία (5 ECTS)
• Φυσική δομημένου περιβάλλοντος (5 ECTS)
• Κλίμα – Κλιματικές διακυμάνσεις (5 ECTS)
• Φυσική Ωκεανογραφία (5 ECTS)
• Αρχές και εφαρμογές Τηλεπισκόπησης (5 ECTS)
• Φυσική μέσης και ανώτερης ατμόσφαιρας (5 ECTS)
• Μοντέλα ατμοσφαιρικής κυκλοφορίας (5 ECTS)
• Φυσική Νεφών και Φαινόμενα Μέσης Κλίμακας (5 ECTS)
• Εφαρμοσμένος Ενεργειακός Σχεδιασμός (5 ECTS)
• Ειδικό θέμα (προσφέρεται κάθε έτος ανάλογα με τη διαθεσιμότητα διδασκόντων) (5 ECTS) 

Σύνολο 30 ECTS

Γ' Εξάμηνο 

• ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ (30 ECTS)