Σκοπός του ΠΜΣ είναι η κατάρτιση μεταπτυχιακών φοιτητών σε θέματα διαγνωστικής προσέγγισης και απεικόνισης των δομικών καρδιοπαθειών, καθώς και στον τρόπο επεμβατικής αντιμετώπισής τους. Παράλληλα σκοπός του προγράμματος είναι να προάγει την έρευνα στο αντικείμενο των δομικών καρδιοπαθειών.

Το ΠΜΣ στοχεύει στην παροχή γνώσης στις σύγχρονες εξελίξεις της παθοφυσιολογίας, της διάγνωσης και απεικόνισης των δομικών καρδιοπαθειών, καθώς και στις εξελίξεις της τεχνογνωσίας στην επεμβατική αντιμετώπιση των δομικών καρδιοπαθειών. Με το πρόγραμμα αυτό οι επιστήμονες υγείας θα αναπτύξουν δεξιότητες που αφορούν όλα τα επίπεδα παροχής υπηρεσιών υγείας
σε ασθενείς με δομικές καρδιοπάθειες.

Στόχος επίσης του ΠΜΣ είναι η δημιουργία επιστημόνων κατάλληλων να συντονίζουν ή/και να συμμετέχουν σε ομάδες «Καρδιάς» για την καλύτερη συνδυασμένη αντιμετώπιση επεμβατική και χειρουργική των ασθενών με δομικές καρδιοπάθειες και την υψηλού επιπέδου παροχή φροντίδας, με αποτέλεσμα τη μείωση των ημερών νοσηλείας και κατά συνέπεια τη μείωση του κόστους νοσηλείας.