Το Π.Μ.Σ. διαρθρώνεται σε τέσσερα (4) εξάμηνα. Τα μαθήματα που διδάσκονται ανά εξάμηνο καθώς και οι πιστωτικές μονάδες/μάθημα παρουσιάζονται στον παρακάτω πίνακα. Σημειώνεται ότι κάθε εξάμηνο αντιστοιχεί σε τριάντα (30) ECTS.

Ως επίσημη γλώσσα διδασκαλίας στο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών ορίζεται η ελληνική. Η γλώσσα διδασκαλίας του κάθε μαθήματος μπορεί να είναι η αγγλική ανάλογα με τη σύνθεση του ακροατηρίου (π.χ. αμιγώς ελληνόφωνο ή με παρουσία αγγλόφωνων φοιτητών/-τριών) ή τυχόν άλλες ιδιαιτερότητες και απαιτήσεις του μαθήματος. Η συγγραφή της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας μπορεί να λάβει χώρα είτε στην ελληνική, είτε στην αγγλική γλώσσα.

Ανάλογα με το γνωστικό αντικείμενο των υποψηφίων που θα επιλεγούν για το Π.Μ.Σ., η Σ.Ε. δύναται να αποφασίσει τη διεξαγωγή υποστηρικτικής διδασκαλίας Μαθηματικών.

A΄ Εξάμηνο

• Ανάλυση διεργασιών (12 ECTS)
• Εξόρυξη δεδομένων και αριθμητική ανάλυση (7 ECTS)
• Σχεδιασμός Βιομηχανικών Μονάδων Παραγωγής Τροφίμων  (7 ECTS)
• Τεχνολογία Λειτουργικών Τροφίμων (4 ECTS)

Σύνολο ECTS 30

Β΄ Εξάμηνο

• Βιο-Φαρμακευτική Τεχνολογία (7,5 ECTS)
• Διεργασίες παραγωγής προηγμένων βιοϋλικών (7,5 ECTS)
• Σχεδιασμός Βιομηχανικών Μονάδων Παραγωγής Φαρμάκων (7,5 ECTS)
• Διοίκηση Παραγωγικών Συστημάτων & Νομοθεσία Φαρμάκων & Τροφίμων (7,5 ECTS)

Σύνολο ECTS 30

Γ΄ Εξάμηνο

• Bιοϊατρική Μηχανική, Αναγεννητική Ιατρική, Ιστομηχανική (7,5 ECTS)
• Βιοανάλυση και τεχνολογίες -omics (7,5 ECTS)
• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (Ανασκόπηση βιβλιογραφίας και σχεδιασμός  πειραματικής ή υπολογιστικής μελέτης) (15 ECTS)

Σύνολο ECTS 30

Δ΄ Εξάμηνο

• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (30 ECTS)

Σύνολο ECTS 30