Αντικείμενο του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) είναι το εξής: Η Χημική Μηχανική είναι η επιστήμη η οποία, εφαρμόζοντας τις φυσικές επιστήμες (φυσική, χημεία), τις επιστήμες ζωής (βιοχημεία, βιολογία), τα εφαρμοσμένα μαθηματικά, την κλασσική μηχανική, την οικονομική επιστήμη και τους Ηλεκτρονικούς Υπολογιστές, παρέχει τη δυνατότητα για τη διαχείριση πόρων και ενέργειας με σκοπό την παροχή χρήσιμων αγαθών για το κοινωνικό σύνολο, όπως αυτά εκφράζονται μέσα από τον σχεδιασμό, τη βελτίωση και την ανάπτυξη προϊόντων και μεθόδων παραγωγικών διαδικασιών ή την κατασκευή και λειτουργία εξοπλισμού και εγκαταστάσεων διεργασιών της χημικής, φαρμακευτικής και της συναφούς βιομηχανίας, με όρους αειφορίας, υγιεινής, ασφάλειας και προστασίας του περιβάλλοντος, αλλά και οικονομικής βιωσιμότητας.

Το γνωστικό αντικείμενο του προγράμματος μεταπτυχιακών σπουδών αφορά στην εφαρμογή των βασικών αρχών της Χημικής Μηχανικής, για το σχεδιασμό και ανάλυση διεργασιών με έμφαση στις διεργασίες παραγωγής τροφίμων και φαρμάκων και επομένως για τους κλάδους των Τροφίμων και της Υγείας.

Σκοπός του Π.Μ.Σ. είναι αφενός η εκπαίδευση υψηλού επιπέδου εξειδικευμένων επιστημόνων, ικανών να στελεχώσουν οποιονδήποτε εθνικό ή διεθνή, ερευνητικό, παραγωγικό ή διοικητικό οργανισμό, αφετέρου η ενθάρρυνση της έρευνας σε διεπιστημονικούς, επίκαιρους και κρίσιμους για τη χώρα τομείς, όπως είναι η υγεία και τα τρόφιμα.