1. Για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. κάθε μεταπτυχιακός  φοιτητής πρέπει να παρακολουθήσει και να εξετασθεί  επιτυχώς συνολικά σε εννέα(9) εξαμηνιαία μεταπτυχιακά μαθήματα (σύνολο 90 πιστωτικές μονάδες ECTS),  κατά τα πρώτα τρία εξάμηνα των σπουδών του (τρία μαθήματα κάθε εξάμηνο), καθώς και να εκπονήσει τη μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία (σύνολο 30 πιστωτικές μονάδες ECTS) κατά το τέταρτο εξάμηνο των  σπουδών του. Συνολικά, δηλαδή, το Π.Μ.Σ. απονέμει 120  πιστωτικές μονάδες ECTS. Η παρακολούθηση των μαθημάτων είναι υποχρεωτική.

2. Τα μαθήματα που μπορεί να παρακολουθήσει κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής ανάλογα με την ειδίκευση της επιλογής του, καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε δέκα (10) πιστωτικές μονάδες (ECTS), είναι τα εξής:

Α. Κατεύθυνση Αγία Γραφή (Holy Scripture)

• HS01. Υποχρεωτικό κορμού: Σημαντικότερες ερμηνευτικές μέθοδοι και προσεγγίσεις: Ιστορία της έρευνας και Μεθοδολογία (Major exegetical methods and approaches: History of Research and Methodology) [Seminar]
• HS02. Ερμηνεία των προφητικών βιβλίων της Παλαιάς Διαθήκης (Interpretation of the prophetic books of the Old Testament)
• HS03. Ιστορία της Ερμηνείας της Π. Διαθήκης (History of the interpretation of the Old Testament)
• HS04. Η θεολογία της Μεταφράσεως των Ο΄(Theology of the Septuagint).
• HS05. Η Μετάφραση των Ο΄ και η αρχαία ελληνική γραμματεία (από τον Όμηρο μέχρι τη Στοά) (Septuagint and Ancient Greek Literature − From Homer to the Stoics)
• HS06. Καινή Διαθήκη και Πατερική Ερμηνευτική (New Testament and Patristic Hermeneutics)
• HS07. Θέματα κριτικής κειμένου της Καινής Διαθήκης (New Testament text criticism)
• HS08. Καινή Διαθήκη και Πολιτισμός (New Testament and Culture)
• HS09. Η πρόσληψη της Καινής Διαθήκης στη λογοτεχνία και την τέχνη (The reception of the New Testament in literature and art). 

Β. Κατεύθυνση Πατρολογία και Αγιολογία (Patristics and Hagiography)

• ΡΗ01. Υποχρεωτικό κορμού: Μεθοδολογία, πηγές και instrumenta studiorum στην πατρολογική και αγιολογική έρευνα (Methodology, sources and instrumenta studiorum in Patristic and Hagiographic Research).
• PH02. Ειδικά θέματα από τη γραμματεία και θεολογία των Αποστολικών Πατέρων και Απολογητών (Special Issues of the literature and Theology of the Apostolic Fathers and ancient Apologetics)
• PH03. Ειδικά θέματα της Χαλκηδόνιας και μεταχαλκηδόνιας γραμματείας και θεολογίας(Special Issues of the Chalcedonian and PostΜChalcedonian Literature and Theology)
• PH04. Θέματα Εκκλησιαστικής Γραμματολογίας και Πατερικής Θεολογίας από τον Θ΄ μέχρι τον ΙΕ΄ αιώνα (Issues of Church Literature and Patristic Theology from the 9th to 15th century)
• PH05. Θέματα Εκκλησιαστικής Γραμματολογίας και Πατερικής Θεολογίας των χρόνων της Τουρκοκρατίας αιώνα (Issues of Church Literature and Patristic Theology during the period of Ottoman occupation)
• PH06. Πρόσωπα και τάσεις στην Αγιολογία της μεσοβυζαντινής και παλαιολόγειας περιόδου (Authors and trends in the Hagiography of middle−byzantine and palaiologan period)
• PH07. Η πρόσληψη της αγιότητας και η τιμή των αγίων στο Βυζάντιο (The perception of sanctity and the cult of Saints in Byzantium)

Γ. Κατεύθυνση Εκκλησιαστική Ιστορία (Church History)

• CH01. Υποχρεωτικό κορμού: Μεϋοδολογία, πηγές και βιβλιογραφία της εκκλησιαστικοϊστορικής έρευνας (Methodology, sources and Bibliography in Church History Research)
• CH02. Ειδικά Θέματα Εκκλησιαστικής Ιστορίας Α΄ (Special Issues of Church History I)
• CH03. Ειδικά Θέματα Εκκλησιαστικής Ιστορίας Β΄ (Special Issues of Church History II)
• CH04. Οικουμενικό Πατριαρχείο και Ορθόδοξη Διασπορά (Ecumenical Patriarchate and Orthodox  Diaspora)

Δ. Κατεύθυνση Δογματική Θεολογία (Dogmatic Theology)

• DT01. Υποχρεωτικό κορμού: Ερμηνεία των Δογματικών και Συμβολικών Κειμένων (Exegesis of the  doctrinal and symbolical texts)
• DT02. Ειδικά Θέματα της Ιστορίας των Δογμάτων (Special Issues of the History of Dogmas)
• DT03. Θέματα Δογματικής της Ορθόδοξης Εκκλησίας (Issues of Dogmatic Theology of the Orthodox  Church)
• DT04. Θέματα ιστορίας της Οικουμενικής Κινήσεως (Issues of the History of the Ecumenical Mouvement)
• DT05. Θέματα αρχαίας και βυζαντινής φιλοσοφίας (Issues of Ancient and Byzantine Philosophy)

Ε. Κατεύθυνση Λειτουργική (Liturgies)

• LT01. Υποχρεωτικό κορμού: Πηγές, μεϋοδολογία και  σταθμοί στη διαμόρφωση της χριστιανικής λατρείας (Sources, Methodology, and landmarks  of the Christian Worship).
• LT02. Διορθόδοξα λειτουργικά θέματα (Inter−Orthodox Liturgical Issues)
• LT03. Λειτουργικά Τυπικά και Ευχολόγια (Liturgical Typika and Euchologies)
• LT04. Σύγχρονα λειτουργικά θέματα (Contemporary Liturgical Issues)

ΣΤ. Κατεύθυνση Κανονικό Δίκαιο (Canon Law)

• CL01. Υποχρεωτικό κορμού: Πηγές Κανονικού Δικαίου  (Sources of Canon Law)
• CL02. Ειδικά θέματα Κανονικού Δικαίου (Special Issues of Canon Law)
• CL03. Κανονικό Δίκαιο. Σχέσεις Κράτους−Εκκλησίας A΄  (Canon Law. State And Church Relations I)
• CL04. Κανονικό Δίκαιο. Σχέσεις Κράτους−Εκκλησίας Β΄  (Canon Law. State And Church Relations II)
• CL05. Κανονικό Δίκαιο. Σχέσεις Κράτους−Εκκλησίας Γ΄  (Canon Law. State And Church Relations III)

3. Από τα προσφερόμενα μαθήματα ο φοιτητής υποχρεούται να παρακολουθήσει:

α. Το ειδικό μάθημα κορμού (core course), όπως αυτό  προσδιορίζεται παραπάνω για την κάθε μια από τις έξι  κατευθύνσεις.

β. Τουλάχιστον τρία από τα μαθήματα επιλογής που  υπάγονται στον κύκλο κάθε κατεύθυνσης.

γ. Τα υπόλοιπα μαθήματα από τα μαθήματα − κορμού  ή επιλογής − που υπάγονται στους κύκλους των άλλων  κατευθύνσεων.

Τα μαθήματα του Π.Μ.Σ. θα διδάσκονται στην αγγλική  γλώσσα, η οποία θα είναι και η γλώσσα εκπόνησης της  μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας.