Το Π.Μ.Σ. διαρθρώνεται σε τρία (3) εξάμηνα.
Στο πρώτο (Α’ ) εξάμηνο διδάσκονται τρία (3) υποχρεωτικά (Υ) μαθήματα με δέκα (10) πιστωτικές μονάδες (ECTS) το καθένα.
Στο δεύτερο (Β’ ) εξάμηνο διδάσκονται τρία (3) υποχρεωτικά (Υ) μαθήματα με δέκα (10) πιστωτικές μονάδες (ECTS) το καθένα.
Στο τρίτο (Γ’ ) εξάμηνο εκπονείται η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία [τριάντα (30) ECTS]. Προαπαιτούμενα προπτυχιακά μαθήματα είναι τα εξής:
α) Φαρμακευτική Τεχνολογία Ι και ΙΙ
β) Βιοφαρμακευτική και γ) Καλλυντικά.

Σε περίπτωση που ο μεταπτυχιακός φοιτητής δεν είχε κατά τη διάρκεια των προπτυχιακών του σπουδών διδαχθεί κάποιο ή κάποια από τα παραπάνω μαθήματα, υποχρεούται να τα παρακολουθήσει από το πρόγραμμα προπτυχιακών σπουδών του Τμήματος Φαρμακευτικής, παράλληλα με τις μεταπτυχιακές του σπουδές.

Η επίσημη γλώσσα διεξαγωγής του προγράμματος και η γλώσσα εκπόνησης της μεταπτυχιακής εργασίας είναι η ελληνική.

Το σύνολο των ευρωπαϊκών πιστωτικών μονάδων (ECTS) για την απόκτηση του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) ανέρχεται σε ενενήντα (90) ECTS και τα μαθήματα αρχίζουν το χειμερινό εξάμηνο. Ο μεταπτυχιακός φοιτητής υποχρεούται να παρακολουθήσει κάθε εξάμηνο μαθήματα που συμπληρώνουν τριάντα (30) ECTS και να εξεταστεί επιτυχώς σε όλα τα μαθήματα του εξαμήνου που θα επιλέξει. Ο έλεγχος στα επιμέρους μαθήματα γίνεται με γραπτές ή προφορικές εξετάσεις, εκπόνηση εργασιών ή συνδυασμό των ανωτέρω.

Α' Εξάμηνο

• Έρευνα και Ανάπτυξη Φαρμακευτικών Μορφών (10 ECTS)
• Εφαρμογές Επιστήμης Δεδομένων στη Φαρμακευτική Τεχνολογία (10 ECTS)
• Παραγωγή και Έλεγχος Φαρμακευτικών Προϊόντων (10 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο

• Παρασκευή και Έλεγχος Φυσικών, Βιολογικών, και Καλλυντικών Προϊόντων (10 ECTS)
• Αδειοδότηση και Προστασία Άδειας Κυκλοφορίας Φαρμακευτικών Προϊόντων (10 ECTS)
• Αναδυόμενες Τεχνολογίες Μορφοποίησης Φαρμάκων (10 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ' Εξάμηνο

• Εργαστηριακή Μεταπτυχιακή Έρευνα (10 ECTS)
• Συγγραφή και Παρουσίαση Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (20 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γενικό Σύνολο 90 ECTS