Το σύνολο των μονάδων ECTS που απαιτούνται για την απόκτηση του Δ.Μ.Σ. ανέρχονται σε 90. Το πρόγραμμα σπουδών περιλαμβάνει υποχρεωτικά μαθήματα, εργαστήρια και εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας τα οποία μπορούν να είναι τόσο στην Ελληνική όσο και στην Αγγλική γλώσσα. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές μπορούν να παρακολουθούν μέρος ή ολόκληρο μάθημα σε Ινστιτούτα Ιδρυμάτων της ημεδαπής ή της αλλοδαπής ισότιμα προς τα Ελληνικά Πανεπιστήμια και πιστώνονται με τις αντίστοιχες πιστωτικές μονάδες. Η εργαστηριακή άσκηση και η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία των φοιτητών γίνεται σε διάφορα εργαστήρια του Τμήματος ή σε άλλα Ινστιτούτα ή Ιδρύματα.

Το αναλυτικό πρόγραμμα σε κάθε εξάμηνο διαμορφώνεται ως εξής:

Α. ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗ: Αλιευτική Βιολογία και Διαχείριση

Α' Εξάμηνο

• Υδάτινο περιβάλλον και οργανισμοί (4 ECTS)
• Πειραματικός σχεδιασμός, ανάλυση οικολογικών συστημάτων και διάχυση αποτελεσμάτων έρευνας (6 ECTS)
• Αλιευτικοί πόροι και αλιευτική τεχνολογία (5 ECTS)
• Βιολογία και εκτίμηση ιχθυαποθεμάτων (5 ECTS)
• Αλιευτική διαχείριση (5 ECTS)
• Διαχείριση υδάτινων οικοσυστημάτων (5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο 

• Πρακτική άσκηση (15 ECTS)
• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία Ι (15 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ' Εξάμηνο

• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία II (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β. ΚΑΤΕΥΘΥΝΣΗ: Οικολογία και βιολογία διατήρησης

Α' Εξάμηνο

• Σύγχρονες θεωρήσεις και εφαρμογές της Οικολογίας (12 ECTS)
• Πειραματικός σχεδιασμός, ανάλυση οικολογικών συστημάτων και διάχυση αποτελεσμάτων έρευνας (6 ECTS)
• Μοντέλα πρόβλεψης και εξομοιώσεις (6 ECTS)
• Δυναμική και Γενετική πληθυσμών, πρότυπα οργάνωσης Βιοκοινότητας (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο 

• Βάσεις οικολογικών δεδομένων (2 ECTS)
• Χωροχρονικά πρότυπα και διαχείριση βιοποικιλότητας (4 ECTS)
• Τοπίο, αλλαγές χρήσεων γης, κλιματική αλλαγή και βιοπαρακολούθηση (3 ECTS)
• Εφαρμογές διατήρησης: Πρακτική άσκηση (6 ECTS)
• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία Ι (15 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ' Εξάμηνο

• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία II (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Όλα τα μαθήματα είναι υποχρεωτικά.

Η Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία Ι και η Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία II μπορούν να αντικατασταθούν, με το μάθημα «Experimental Project in Biology», το οποίο προσφέρεται και στις δύο κατευθύνσεις, στα αγγλικά και πιστώνεται με 45 μονάδες ECTS.