Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές πρέπει να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς σε δεκαπέντε (15) μαθήματα, δώδεκα (12) υποχρεωτικά και τρία (3) επιλογής, καθώς και να εκπονήσουν τη μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία. Στο 3ο εξάμηνο σπουδών, οι φοιτητές καλούνται να επιλέξουν μια Κατεύθυνση εκ των δύο, της «Φαρμακευτικής» ή της «Επιχειρηματικής», από την οποία καλούνται να επιλέξουν τρία από τα προσφερόμενα μαθήματα επιλογής. Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων για την απόκτηση ΜΔΕ ανέρχεται στις 90 πιστωτικές μονάδες. 

Τα μαθήματα και οι αντίστοιχες πιστωτικές μονάδες/ECTS ορίζονται ως εξής: 

Α’ Εξάμηνο (Υποχρεωτικά) 

Βασικές Αρχές Εμπορικού και Φαρμακευτικού Δικαίου, Κανονιστικό Πλαίσιο, Φαρμακευτική Πολιτική και Δεοντολογία 5 

Οικονομικά της Υγείας και του Φαρμάκου 5 

Ποσοτικές Μέθοδοι και Στατιστική Ανάλυση 5 

Μάνατζμεντ, Ηγεσία και Διαχείριση Ανθρωπίνου Δυναμικού 5 

Μάρκετινγκ 5 

Διοικητική Λογιστική και Λογιστική Κόστους 5 

(Σύνολο 30) 

Β’ Εξάμηνο (Υποχρεωτικά)  

Χρηματοοικονομική Διοίκηση 5 

Αρχές Ελέγχου και Διασφάλισης Ποιότητας Φαρμακευτικών Προϊόντων 5 

Ανάπτυξη Φαρμακευτικών Προϊόντων 5 

Στρατηγική και κατάρτιση Business Plan 5 

Διοίκηση Λειτουργιών (Operations Management) 5 

Πληροφοριακά Συστήματα στην Υγεία και το Φάρμακο (Health and Medical Informatics) 5 

(Σύνολο 30) 

Γ’ Εξάμηνο - Κατεύθυνση Φαρμακευτική (3 μαθήματα επιλογής και διπλωματική εργασία) 

Βιοφαρμακευτική 5 

Ανάπτυξη Φαρμακευτικών Προϊόντων 5 

Σχεδιασμός, Πραγματοποίηση και Αξιολόγηση αποτελεσμάτων Κλινικών Μελετών με έμφαση στις μελέτες Βιοϊσοδυναμίας 5 

Φαρμακοεπαγρύπνηση: Επιστημονικό και Κανονιστικό Πλαίσιο 5   

Εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας 15

(Σύνολο 30)

Γ’ Εξάμηνο - Κατεύθυνση Επιχειρηματική (3 μαθήματα επιλογής και διπλωματική εργασία)  

Ειδικά Θέματα Χρηματοοικονομικής 5 

Ειδικά Θέματα στην Οργάνωση και Διοίκηση Επιχειρήσεων 5 

Οργάνωση Πωλήσεων Φαρμακευτικών Προϊόντων 5 

Φαρμακοοικονομία 5 

Εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας 15 

(Σύνολο 30)