1. Θεωρητική, Υπολογιστική Φυσική και Αστροφυσική (Theoretical, Computational Physics, Astrophysics)
2. Φυσική και Τεχνολογία Υλικών - Φωτονική (Materials Physics and Technology - Photonics)

Στο ΠΜΣ γίνονται δεκτοί πτυχιούχοι των Τμημάτων ανά Ειδίκευση:

1. Θεωρητική, Υπολογιστική Φυσική και Αστροφυσική.
Στην ειδίκευση γίνονται κατ’ αρχήν δεκτοί απόφοιτοι των Τμημάτων Φυσικής, Μαθηματικών και Γεωλογίας, καθώς και άλλων Τμημάτων Σχολών Θετικών Επιστημών, Πολυτεχνικών Σχολών ή άλλων, της Ελλάδας ή της αλλοδαπής, κατά την κρίση της επιτροπής επιλογής.

2. Φυσική και Τεχνολογία Υλικών-Φωτονική.
Στην ειδίκευση γίνονται κατ’ αρχήν δεκτοί απόφοιτοι των Τμημάτων Φυσικής, Χημείας, Επιστήμης των Υλικών, καθώς και Τμημάτων Μηχανολόγων, Ηλεκτρολόγων, Χημικών Μηχανικών καθώς και Μηχανικών Ηλεκτρονικών Υπολογιστών Πολυτεχνικών Σχολών της Ελλάδας ή της αλλοδαπής, κατά την κρίση της επιτροπής επιλογής.

Ο αριθμός των φοιτητών που γίνονται δεκτοί κατ΄ έτος στην ειδίκευση «Θεωρητική, Υπολογιστική Φυσική και Αστροφυσική» δεν μπορεί να είναι περισσότεροι από δέκα (10).

Ο αριθμός των φοιτητών που γίνονται δεκτοί κατ΄ έτος στην ειδίκευση «Φυσική και Τεχνολογία Υλικών – Φωτονική» δεν μπορεί να είναι περισσότεροι από είκοσι (20).