Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων (Π.Μ ή ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του Δ.Π.Μ.Σ. ανέρχεται σε 120 ECTS. Τα μαθήματα του Δ.Π.Μ.Σ. είναι εξαμηνιαία. Η διδασκαλία των μαθημάτων καθώς η συγγραφή της Διπλωματικής Ερευνητικής Εργασίας γίνεται στην Ελληνική και στην Αγγλική Γλώσσα, στην περίπτωση κατά την οποία στο Δ.Π.Μ.Σ. φοιτούν και ξενόγλωσσοι μεταπτυχιακοί φοιτητές. Για την λήψη του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) οι φοιτητές υποχρεούνται να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς σε 10 συνολικά εξαμηνιαία μαθήματα (4 υποχρεωτικά μαθήματα στο Α΄ εξάμηνο, 4 υποχρεωτικά μαθήματα στο Β΄ εξάμηνο και 2 μαθήματα επιλογής στο Γ΄ εξάμηνο), και να εκπονήσουν επιτυχώς τη Διπλωματική Ερευνητική Εργασία στο Γ΄ εξάμηνο και Δ΄ Εξάμηνο. Τα μαθήματα πιστώνονται με συνολικό φόρτο εργασίας 72 ECTS και η Διπλωματική Ερευνητική Εργασία με συνολικό φόρτο εργασίας 48 ECTS.

Τα μαθήματα διακρίνονται σε υποχρεωτικά μαθήματα και μαθήματα επιλογής.

Το πρόγραμμα μαθημάτων ανά εξάμηνο ορίζεται ως εξής:

Α' Εξάμηνο 

• Αρχές Περιβαλλοντικής Φυσικής (8 ECTS)
• Εφαρμοσμένη Οικολογία (6 ECTS)
• Οικολογική Γενετική και Οικοτοξικολογία (8 ECTS)
• Υδατική Χημεία (8 ECTS) 

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο 

• Ατμοσφαιρική Χημεία (8 ECTS)
• Περιβαλλοντική Γεωλογία (8 ECTS)
• Στατιστική Μεθοδολογία (8 ECTS)
• Στοιχεία Περιβαλλοντικής Νομοθεσίας και Διοίκησης (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ' Εξάμηνο 

• Έναρξη Διπλωματικής Ερευνητικής Εργασίας (18 ECTS) 

και δύο από τα παρακάτω: 

• Αντιρύπανση Αερίων, Στερεών και Υγρών (6 ECTS)
• Ειδικά Θέματα Περιβαλλοντικής Γεωλογίας (6 ECTS)
• Ειδικά Θέματα Ρύπανσης (6 ECTS)
• Ενεργειακές Χρήσεις και Περιβάλλον (6 ECTS)
• Μέθοδοι Εκτίμησης Περιβαλλοντικών (6 ECTS)
• Πολυδιάστατη Στατιστική Ανάλυση (6 ECTS)
• Προσαρμοστικοί Μηχανισμοί Ζωικών (6 ECTS)
• Ρύπανση Εσωτερικών Χώρων (6 ECTS)
• Περιβαλλοντικές Εφαρμογές και Επιπτώσεις της Νανοτεχνολογίας (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Δ' Εξάμηνο 

• Διπλωματική Ερευνητική Εργασία (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS