Για τα Μάστερ Μηχανικής και Μάστερ Επιστήμης (M.Eng. και M.Sc., αντίστοιχα) απαιτείται η επιτυχής παρακολούθηση 10 και επτά μεταπτυχιακών μαθημάτων αντίστοιχα, εκ των οποίων μόνο το ένα μπορεί να είναι εκτός του καταλόγου των μαθημάτων της μηχανικής περιβάλλοντος. 

Μαθήματα Μηχανικής Περιβάλλοντος

• ΠΠΜ 500 Εφαρμογές Μηχανικής με Ανάπτυξη Λογισμικού
• ΠΠΜ 512 Ανάλυση Κινδύνου για ΠΜΜΠ
• ΠΠΜ 534 Φυσικά Χαρακτηριστικά Δομικών Υλικών και Σχετικά Προβλήματα Διάβρωσης
• ΠΠΜ 536 Ενεργειακή Απόδοση Κτιρίων
• ΠΠΜ 571 Υπολογιστική Υδραυλική
• ΠΠΜ 572 Υδρολογία Υπογείων Υδάτων
• ΠΠΜ 574 Περιβαλλοντική Γεωτεχνική
• ΠΠΜ 576 Περιβαλλοντική Ρευστομηχανική
• ΠΠΜ 580 Δυναμική της Ατμόσφαιρας και Διασπορά Αέριας Ρύπανσης
• ΠΠΜ 581 Εκτίμηση Περιβαλλοντικού Κινδύνου
• ΠΠΜ 582 Διαχείριση Στερεών και Επικινδύνων Αποβλήτων
• ΠΠΜ 583 Φυσικοχημικές και Βιολογικές Διεργασίες για την Επεξεργασία Υγρών Αποβλήτων
• ΠΠΜ 584 Προχωρημένα Θέματα Μηχανικής Περιβάλλοντος
• ΠΠΜ 585 Πειραματικές Μέθοδοι Χαρακτηρισμού και Επεξεργασίας Νερών και Αποβλήτων
• ΠΠΜ 586 Αειφόρο Δομημένο Περιβάλλον
• ΠΠΜ 596 Διαχείριση Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας
• ΠΠΜ 650 Ανεξάρτητη Μελέτη