Το Πρόγραμμα σπουδών αποτελείται από σεμινάρια και ασκήσεις. Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων (E.C.T.S.) που απαιτούνται για την απόκτηση του Δ.Μ.Σ. ανέρχονται σε εκατόν είκοσι (120). Συγκεκριμένα, ο μεταπτυχιακός/ή φοιτητής/τρια υποχρεούται να:

(α) Συγκεντρώσει εξήντα (60) ECTS από την επιτυχή παρακολούθηση πέντε (5) μεταπτυχιακών σεμιναρίων, καθένα από τα οποία διαρκεί τρεις ώρες εβδομαδιαίως επί δεκατρείς εβδομάδες και αντιστοιχεί σε δώδεκα (12) πιστωτικές μονάδες ECTS. Ειδικότερα, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές/τριες της κατεύθυνσης στη Βυζαντινή Ιστορία οφείλουν να ολοκληρώσουν υποχρεωτικώς τρία σεμινάρια Βυζαντινής Ιστορίας και να επιλέξουν άλλα δύο από τα προσφερόμενα για τις άλλες κατευθύνσεις του Προγράμματος ή από άλλο Π.Μ.Σ. του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας με τη σύμφωνη γνώμη της Συντονιστικής Επιτροπής (Σ.Ε.) του Π.Μ.Σ. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές της κατεύθυνσης στην Ιστορία της Μεσαιωνικής Δύσης οφείλουν να ολοκληρώσουν υποχρεωτικώς δύο σεμινάρια Ιστορίας της Μεσαιωνικής Δύσης και ένα Βυζαντινής Ιστορίας και να επιλέξουν άλλα δύο από τις άλλες κατευθύνσεις του προγράμματος ή και από άλλο Π.Μ.Σ. του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας με τη σύμφωνη γνώμη της Συντονιστικής Επιτροπής (Σ.Ε.) του Π.Μ.Σ. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές με κατεύθυνση στη Βυζαντινή Αρχαιολογία και την Ιστορία της Βυζαντινής Τέχνης οφείλουν οφείλουν να ολοκληρώσουν υποχρεωτικώς τρία σεμινάρια Βυζαντινής Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Βυζαντινής Τέχνης και να επιλέξουν άλλα δύο από τα προσφερόμενα στις άλλες κατευθύνσεις του οικείου Π.Μ.Σ. ή σε άλλο Π.Μ.Σ. του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας, με τη σύμφωνη γνώμη της Συντονιστικής Επιτροπής (Σ.Ε.) του Π.Μ.Σ.

(β) Συγκεντρώσει δέκα οκτώ (18) ECTS από την επιτυχή συμμετοχή σε τρεις ασκήσεις-εργαστήρια, τα οποία προσφέρονται είτε από το Π.Μ.Σ. στις Βυζαντινές και Μεσαιωνικές Σπουδές, είτε σε συνεργασία με διδάσκοντες άλλων Π.Μ.Σ. του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας ή άλλων Π.Μ.Σ. του Πανεπιστημίου Κρήτης. Κάθε άσκηση ή εργαστήριο αντιστοιχεί σε έξι (6) ECTS. Ασκήσεις και εργαστήρια μπορεί να διεξάγονται και σε συνεργασία με σχετικά ερευνητικά προγράμματα Ινστιτούτων του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (Ι.Τ.Ε.), όπως του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών στο Ρέθυμνο και του Ινστιτούτου Ηλεκτρονικής Δομής και Λέιζερ στο Ηράκλειο.

(γ) Συγκεντρώσει δώδεκα (12) ECTS από την επιτυχή συμμετοχή στο ειδικό σεμινάριο με τίτλο «Μεθοδολογία Αρχειακής και Βιβλιογραφικής Τεκμηρίωσης», στο οποίο παρουσιάζονται και αναλύονται εξατομικευμένα επιμέρους θέματα και μεθοδολογικά προβλήματα των Βυζαντινών και Μεσαιωνικών Σπουδών.

(δ) Συγκεντρώσει τριάντα (30) ECTS από τη συγγραφή Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας.

Συγκεκριμένα το εξαμηνιαίο πρόγραμμα σπουδών ανά κατεύθυνση οργανώνεται ως εξής:

Κατεύθυνση Βυζαντινής Ιστορίας (Ι)

Α΄ Εξάμηνο

• Σεμινάριο Βυζαντινής Ιστορίας (12 ECTS)
• Επιλεγόμενο Σεμινάριο (12 ECTS)
• Άσκηση ή εργαστήριο (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β' Εξάμηνο 

• Σεμινάριο Βυζαντινής Ιστορίας (12 ECTS) 
• Μεθοδολογία Αρχειακής και Βιβλιογραφικής Τεκμηρίωσης (12 ECTS)
• Άσκηση - εργαστήριο (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ' Εξάμηνο 

• Σεμινάριο Βυζαντινής Ιστορίας (12 ECTS)
• Επιλεγόμενο Σεμινάριο (12 ECTS)
• Άσκηση ή εργαστήριο (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Δ' Εξάμηνο 

• Συγγραφή Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Κατεύθυνση Μεσαιωνικής Ιστορίας της Δύσης (ΙΙ)

Α' Εξάμηνο 

• Σεμινάριο Μεσαιωνικής Ιστορίας της Δύσης (12 ECTS)
• Επιλεγόμενο Σεμινάριο (12 ECTS)
• Άσκηση ή εργαστήριο (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο 

• Σεμινάριο Βυζαντινής Ιστορίας (12 ECTS) 
• Επιλεγόμενο Σεμινάριο (12 ECTS)
• Άσκηση - εργαστήριο (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ' Εξάμηνο 

• Σεμινάριο Μεσαιωνικής Ιστορίας της Δύσης (12 ECTS)
• Μεθοδολογία Αρχειακής και Βιβλιογραφικής Τεκμηρίωσης (12 ECTS)
• Άσκηση ή εργαστήριο (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Δ' Εξάμηνο 

• Συγγραφή Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Κατεύθυνση Βυζαντινής Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Βυζαντινής Τέχνης (ΙΙΙ)

Α' Εξάμηνο 

• Σεμινάριο Βυζαντινής Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Βυζαντινής Τέχνης (12 ECTS)
• Επιλεγόμενο Σεμινάριο (12 ECTS)
• Άσκηση ή εργαστήριο (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο 

• Σεμινάριο Βυζαντινής Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Βυζαντινής Τέχνης (12 ECTS)
• Επιλεγόμενο Σεμινάριο (12 ECTS)
• Άσκηση ή εργαστήριο (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Γ' Εξάμηνο 

• Σεμινάριο Βυζαντινής Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Βυζαντινής Τέχνης (12 ECTS)
• Μεθοδολογία Αρχειακής και Βιβλιογραφικής Τεκμηρίωσης (12 ECTS)
• Άσκηση ή εργαστήριο (6 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Δ' Εξάμηνο 

• Συγγραφή Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Παρατίθεται κατάλογος μαθημάτων και σεμιναρίων – εργαστηρίων

• Θεσμοί του Βυζαντίου και της Μεσαιωνικής Δύσης (Κατεύθυνση Ι) (12 ECTS)
• Όψεις της κοινωνικής και οικονομικής ιστορίας του Βυζαντίου και της Μεσαιωνικής Δύσης (Κατεύθυνση Ι, II) (12 ECTS)
• Πόλεις και ύπαιθρος στο Βυζάντιο και τη Μεσαιωνική Δύση (Κατεύθυνση I, II, ΙΙΙ) (12 ECTS) 
• Υλικός Πολιτισμός στο Βυζάντιο και τη Μεσαιωνική Δύση (Κατεύθυνση I, II, ΙΙΙ) (12 ECTS)
• Αρχαιολογικές μαρτυρίες για τον βυζαντινό πολιτισμό (Κατεύθυνση ΙII) (12 ECTS)
• Βυζαντινή Αρχιτεκτονική και Τοπογραφία (Κατεύθυνση IIΙ) (12 ECTS)
• Πρωτοβυζαντινή αρχαιολογία: θεωρία, μεθοδολογία και πρακτική (Κατεύθυνση IIΙ) (12 ECTS)
• Η κοινωνία της ελληνολατινικής ανατολής 13ος – 15ος αιώνας (Κατεύθυνση ΙI) (12 ECTS)
• Κείμενα και Τέχνη: Οι «εκφράσεις» ως πηγή για τη μελέτη της βυζαντινής τέχνης (Κατεύθυνση ΙII) (12 ECTS)
• Το ιδεολογικό υπόβαθρο και οι συμβολικές διαστάσεις της «Βασιλείας των Ρωμαίων» (Κατεύθυνση I) (12 ECTS)
• Πηγές για την αγροτική οικονομία στο Βυζάντιο (Κατεύθυνση Ι) (12 ECTS)
• Από τον παγανισμό στον χριστιανισμό: όψεις της μεταμόρφωσης του αρχαίου κόσμου (Κατεύθυνση Ι, III) (12 ECTS)
• Ασκήσεις-Εργαστήρια-Αρχαιολογική έρευνα πεδίου- Νέες τεχνολογίες (Κατεύθυνση ΙII) (6 ECTS)
• Ελληνική και λατινική Παλαιογραφία και Επιγραφική (Κατεύθυνση Ι, II, III) (6 ECTS)
• Βυζαντινή Νομισματική (Κατεύθυνση Ι, II, III) (6 ECTS)
• Βυζαντινή κεραμική (Κατεύθυνση Ι, II, III) (6 ECTS)
• Επεξεργασία Μεσαιωνικού αρχειακού υλικού (Κατεύθυνση Ι, II, III) (6 ECTS)
• Μεθοδολογία Αρχειακής και Βιβλιογραφικής Τεκμηρίωσης (Κατεύθυνση Ι, II, III) (12 ECTS)
• Εργαστήριο Εφαρμογών των λέιζερ στη μελέτη της κεραμικής (Κατεύθυνση Ι, II, III) (6 ECTS)
• Πανεπιστημιακή ανασκαφή Ελεύθερνας (τομέας ΙΙ, κεντρικός) (Κατεύθυνση III) (6 ECTS)

Τροποποίηση του Προγράμματος μαθημάτων και ανακατανομή μεταξύ των εξαμήνων μπορεί να επέλθει με αποφάσεις οργάνων όπως αναφέρεται στον κανονισμό μεταπτυχιακών σπουδών.