Το Π.Μ.Σ. χωρίζεται σε τρεις (3) ακαδημαϊκές ενότητες (modules), στην ακαδημαϊκή πρακτική άσκηση των φοιτητών/τριών (academic internship) και στη συγγραφή της μεταπτυχιακής διατριβής (master thesis). Οι ακαδημαϊκές ενότητες του Π.Μ.Σ. διδάσκονται κατά την περίοδο Σεπτεμβρίου - Απριλίου κάθε έτους στις εγκαταστάσεις του Πανεπιστημίου Κρήτης από διδάσκοντες των Πανεπιστημίων Κρήτης και Wagenningen αλλά και από εξωτερικούς συνεργάτες.

Από τον Μάιο μέχρι και τον Ιούλιο ακολουθεί η πρακτική άσκηση των φοιτητών του προγράμματος στην Ολλανδία και στην Ελλάδα, ενώ η συγγραφή της μεταπτυχιακής διατριβής πρέπει να ολοκληρωθεί και να κατατεθεί στη Γραμματεία του Π.Μ.Σ. μέχρι την πρώτη Δεκεμβρίου.

Συνολικά το Π.Μ.Σ. περιλαμβάνει τη διδασκαλία δεκαέξι (16) μαθημάτων (courses) τα οποία επιμερίζονται σε τρεις θεματικές ενότητες. Η πρώτη θεματική ενότητα περιλαμβάνει τέσσερα (4) μαθήματα που σχετίζονται με την Επιχειρηματική Οικονομική και τις Ποσοτικές Μεθόδους, η δεύτερη έξι (6) μαθήματα που σχετίζονται με την Επιχειρηματική Διοίκηση και Χρηματοοικονομική και η τρίτη έξι (6) μαθήματα που σχετίζονται με τις Τεχνολογικές Καινοτομίες και την Επιχειρηματικότητα.

Κάθε μάθημα διδάσκεται μέσα σε 24 διδακτικές ώρες με εξαίρεση το ΜΒΑ103 που διδάσκεται 36 ώρες. Η διάρκεια της διδασκαλίας είναι δύο εβδομάδες από 12 ώρες την εβδομάδα για κάθε μάθημα με εξαίρεση πάλι το ΜΒΑ103 η διδασκαλία του οποίου διαρκεί τρεις εβδομάδες.

Ο κατάλογος των μαθημάτων ανά θεματική ενότητα έχουν ως εξής:

Module A: Business Economics and Quantitative Methods

• MBE5101: Business Economics (4 ECTS)
• MBE5102: Economics of innovation and R&D Spending (4 ECTS)
• MBE5103: Data Analytics and Quantitative Methods (4 ECTS)
• MBE5104: Behavioral Economics (4 ECTS)

Module B: Business Skills for Innovative Ventures

• MBE5201: Finance and Accounting for decision making (4.0 ECTS)
• MBE5202: Marketing and Management for Innovative Firms (4.0 ECTS)
• MBE5203: Competitive Decision Making and Negotiations (3.0 ECTS)
• MBE5204: Financial Management for Innovative Firms (3.0 ECTS)
• MBE5205: Global Economic Challenges (4.0 ECTS)
• MBE5206: Firm Performance Evaluation (4.0 ECTS)

Module C: Innovation, Commercialization and Entrepreneurship for R&D Intensive Firms

• MBE5301: Strategy for R&D Intensive Firms (4.0 ECTS)
• MBE5302: Decision Making for Innovative Ventures (4.0 ECTS)
• MBE5303: Intellectual Property Rights and Technology Transfer (4.0 ECTS)
• MBE5304: Use of Innovation and Knowledge in R&D Intensive Firms (4.0 ECTS)
• MBE5305: Skills for Small Firm Development (3.0 ECTS)
• MBE5306: New Technology Ventures (3.0 ECTS)

Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων (ECTS) για τη λήψη του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών είναι 120, εκ των οποίων οι 60 πιστώνονται με την επιτυχή συμμετοχή στις εξετάσεις των μαθημάτων, οι 30 με την επιτυχή ολοκλήρωση της πρακτικής άσκησης και οι 30 με την επιτυχή υποστήριξη της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας.