Το πρόγραμμα Μαθημάτων περιλαμβάνει Υποχρεωτικά μαθήματα που αντιστοιχούν σε 6 ECTS έκαστο, Μαθήματα Επιλογής που αντιστοιχούν σε 5 ECTS έκαστο, καθώς και μαθήματα Υποχρεωτικής Επιλογής. Το πρόγραμμα διαμορφώνεται ως εξής:

Α' Εξάμηνο 

• Εφαρµοσµένη Κβαντική Φυσική (6 ECTS)
• Κβαντική Ηλεκτρονική Ι - Θεωρία και Τεχνολογία Λέιζερ (6 ECTS)
• Διδακτική Εργαστηρίων Ι (3 ECTS)

και τρία από τα παρακάτω

• Θεμέλια της Σύγχρονης Οπτικής (5 ECTS)
• Επιστήμη Λεπτών Υμενίων και Νανοδομών Ηλεκτρονικής (5 ECTS)
• Προχωρημένη Ατομική και Μοριακή Φυσική (5 ECTS)
• Εργαστήριο Φυσικής Ημιαγωγών (5 ECTS)
• Κβαντική Οπτική και Κβαντική Πληροφορία (5 ECTS)
• Ειδικά Κεφάλαια Φυσικής της Συμπυκνωμένης Ύλης (5 ECTS)
• Ειδικά θέματα Μικρό και Νάνο Ηλεκτρονικής (5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο

• Φυσική Ηµιαγωγικών Διατάξεων (6 ECTS)
• Σύγχρονα Ερευνητικά Θέματα και Τεχνικές (16 ECTS)
• Διδακτική Εργαστηρίων ΙΙ (3 ECTS)

και ένα από τα παρακάτω 

• Ειδικά θέµατα Φωτονικής (5 ECTS)
• Λέιζερ Υψηλής Ισχύος Στενών Παλμών (5 ECTS)
• Ημιαγωγικές Οπτοηλεκτρονικές Διατάξεις (5 ECTS)
• Φυσική διατάξεων δισδιάστατων ημιαγωγών (5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Γ' Εξάμηνο 

• Εκπόνηση Διπλωματικής Εργασίας (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Εναλλακτικά των μαθημάτων επιλογής που προαναφέρθηκαν, οι φοιτητές του Π.Μ.Σ. μπορούν να κατοχυρώσουν μέχρι 10 ECTS από μαθήματα του Π.Μ.Σ. «Προχωρημένη Φυσική» του Τμήματος Φυσικής του Πανεπιστημίου Κρήτης η άλλων Π.Μ.Σ. της Σχολής θετικών Επιστημών ή από μαθήματα του προγράμματος Erasmus.