Κάθε διδακτικό εξάμηνο περιλαμβάνει τουλάχιστον 13 πλήρεις διδακτικές εβδομάδες. Τα μαθήματα του Α΄και Β΄Εξαμήνου είναι υποχρεωτικά και επιλογής. Τα μαθήματα, η διδακτική και ερευνητική απασχόληση, οι πρακτικές ασκήσεις και οι κάθε άλλου είδους εκπαιδευτικές και ερευνητικές δραστηριότητες για την απονομή του Μ.Δ.Ε. ορίζονται ως ακολούθως:

Για την απονομή του Μ.Δ.Ε. απαιτείται η υποχρεωτική παρακολούθηση και επιτυχής εξέταση σε 8 θεωρητικά μαθήματα και 2 εργαστηριακά μαθήματα του Α΄ και Β΄ εξαμήνων σπουδών, καθώς και όλες τις εργαστηριακές και ερευνητικές δραστηριότητες του Β΄ και Γ΄ εξαμήνων σπουδών. Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων τα 2 πρώτα εξάμηνα είναι εξήντα (60) ECTS. Κάθε μάθημα πιστώνεται με πέντε (5) ECTS. Στο Β΄ Εξάμηνο η βιβλιογραφική προετοιμασία και η παρουσίαση ερευνητικής πρότασης στο ερευνητικό πεδίο της διπλωματικής εργασίας πιστώνεται με 5 ECTS και η εκπόνηση, ολοκλήρωση της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας στο Γ΄ εξάμηνο πιστώνεται με 30 ECTS. Το σύνολο των ECTS που απαιτούνται για την απονομή του Μ.Δ.Ε. ανέρχονται σε ενενήντα (90). Αναλυτικά, τα μαθήματα και τα εργαστήρια κατανέμονται ως εξής:

Α` Εξάμηνο 

• Σύγχρονες τάσεις στη διαχείριση αγροτικών Οικοσυστημάτων (Υποχρεωτικό) (5 ECTS)
• Επιλεγμένα θέματα Μοριακής Βιολογίας (Υποχρεωτικό) (5 ECTS)
• Γεωργική Ρύπανση και Περιβαλλοντικές Επιπτώσεις (Υποχρεωτικό) (5 ECTS)
• Καλλιέργεια Φαρμακευτικών και Αρωματικών Φυτών (Επιλογής) (5 ECTS)
• Διαχείριση και αξιοποίηση γεωργικών υποπροϊόντων και αποβλήτων (Επιλογής) (5 ECTS)
• Εργαστήριο Αναλυτικών Τεχνολογιών στον έλεγχο ποιότητας περιβάλλοντος και τροφίμων (Υποχρεωτικό) (10 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Β` Εξάμηνο 

• Ειδικά θέματα στη Ζωϊκή Παραγωγή και καλλιέργειες στο Υδάτινο Περιβάλλον (Υποχρεωτικό) (5 ECTS)
• Εφαρμογές της Μοριακής Γενετικής στην Αγροτική Παραγωγή (Υποχρεωτικό) (5 ECTS)
• Ολική Ποιότητα, Υγιεινή τροφίμων και επισιτιστική ασφάλεια (Υποχρεωτικό) (5 ECTS)
• Μεταβολισμός ξενοβιοτικών ενώσεων - Βιολογικές Δράσεις και βιοσηματοδότηση (Επιλογής) (5 ECTS)
• Έξυπνη κτηνοτροφία: Μειωμένο περιβαλλοντικό αποτύπωμα, καινοτόμος διατροφή, πρότυπη υγεία των ζώων, τρόφιμα ειδικών χαρακτηριστικών (Επιλογής) (5 ECTS)
• Συστήματα επεξεργασίας και διασφάλιση ποιότητας του πόσιμου νερού (Επιλογής) (5 ECTS)
• Εργαστήριο χαρακτηρισμού δραστικών συστατικών και μελέτη της βιολογικής δράσης (Υποχρεωτικό) (5 ECTS)
• Βιβλιογραφική προετοιμασία και παρουσίαση ερευνητικής πρότασης στο ερευνητικό πεδίο της διπλωματικής εργασίας (5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS 

Γ` Εξάμηνο 

• Εκπόνηση, συγγραφή και παρουσίαση της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS