Το ΔΠΜΣ "Υπολογιστική Μηχανική" λειτουργεί από το 1998. Το πρόγραμμα παρέχει υψηλού επιπέδου εκπαίδευση σε ανάπτυξη και χρήση υπολογιστικών μεθόδων στις επιστήμες του μηχανικού με κεντρικό στόχο τη συμβολή στη δημιουργία στελεχών έρευνας και βιομηχανίας με υψηλή και διεθνώς ανταγωνιστική ειδίκευση.

Το Πρόγραμμα, ελάχιστης διάρκειας τριών (3) και μέγιστης τεσσάρων (4) εξαμήνων, οδηγεί στη λήψη Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΜΣ). Το πρόγραμμα των μεταπτυχιακών μαθημάτων περιλαμβάνει μαθήματα κορμού και μαθήματα και σεμινάρια εξειδίκευσης σε δύο ανεξάρτητες κατευθύνσεις - ροές, την Ροή Α - Υπολογιστική Μηχανική Ρευστών – «Ρευστά» και την Ροή Β - Υπολογιστική Μηχανική Στερεών – «Στερεά». Η παρακολούθηση των μαθημάτων διαρκεί δύο εξάμηνα, ενώ στο τρίτο εξάμηνο εκπονείται η Μεταπτυχιακή Εργασία. Οι κύριες κατευθύνσεις των μαθημάτων εξειδίκευσης είναι Διεργασίες, Κατασκευές, Υλικά και Περιβάλλον-Ενέργεια.