Τα μαθήματα οργανώνονται σε τέσσερα (4) εξάμηνα και διεξάγονται κατά βάση στην ελληνική γλώσσα και κατά περίπτωση στην αγγλική.

Κατά τη διάρκεια των σπουδών οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται σε παρακολούθηση και επιτυχή εξέταση μεταπτυχιακών μαθημάτων, εκπαιδευτικής άσκησης σε εργαστήριο, συγγραφή και παρουσίαση επιστημονικών εργασιών, παρακολούθηση σεμιναρίων τα οποία ορίζονται ετησίως από τη Συντονιστική Επιτροπή  καθώς και σε εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας.

Τα τρία πρώτα εξάμηνα περιλαμβάνουν εβδομαδιαίες παρακολουθήσεις (Τρίτη και Πέμπτη 16.00-20.00) στις εννέα διδακτικές ενότητες:

Α' Εξάμηνο

• Διδακτική ενότητα Α1: «Γενικές αρχές Παιδιατρικής Επιδημιολογία/Βασικές Αρχές Δημόσιας Υγείας» (9 ECTS)
• Διδακτική Ενότητα Α2: «Βιοστατιστική» (6 ECTS)
• Διδακτική Ενότητα Α3: «Λοιμώξεις ανά συστήματα  - Ειδικές λοιμώξεις» (15 ECTS)

Β' Εξάμηνο

• Διδακτική Ενότητα Β1: «Χημειοθεραπεία-Φαρμακολογία» (10 ECTS)
• Διδακτική Ενότητα Β2: «Μικροβιολογία-Nοσολογία» (15 ECTS)
• Διδακτική Ενότητα Β3: «Ανοσοανεπάρκειες-HIV (I)» (5 ECTS)

Γ' Εξάμηνο 

• Διδακτική Ενότητα Γ1: «Εμβολιασμοί και Παθητική ανοσοποίηση» (15 ECTS)
• Διδακτική Ενότητα Γ2: «Ειδικές Ομάδες (ανοσοκατασταλμένοι, έγκυοι, ταξιδιωτική ιατρική, πρόσφυγες)» (10 ECTS)
• Διδακτική Ενότητα Γ3: «Ανοσοανεπάρκειες-HIV (II)» (5 ECTS)

Δ' Εξάμηνο

• Εργαστηριακή Άσκηση (5 ECTS)
• Διπλωματική Εργασία (25 ECTS)

Γενικό Σύνολο 120 ECTS

Εκπαιδευτική άσκηση

Η εκπαιδευτική άσκηση περιλαμβάνει την επίσκεψη σε Μικροβιολογικό Εργαστήριο, σε επιτροπές ελέγχου λοιμώξεων καθώς και σε Κέντρα Δημόσιας Υγείας