Τα μαθήματα οργανώνονται σε τέσσερα (4) εξάμηνα και διεξάγονται κατά βάση στην ελληνική γλώσσα και κατά περίπτωση στην αγγλική.

Κατά τη διάρκεια των σπουδών οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται σε παρακολούθηση και επιτυχή εξέταση μεταπτυχιακών μαθημάτων, πρακτικής άσκησης σε εργαστήριο, συγγραφή και παρουσίαση επιστημονικών εργασιών, παρακολούθηση σεμιναρίων τα οποία ορίζονται ετησίως από τη Συντονιστική Επιτροπή  καθώς και σε εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας.

Τα τρία πρώτα εξάμηνα περιλαμβάνουν εβδομαδιαίες παρακολουθήσεις στις εννέα διδακτικές ενότητες:

A΄ Εξάμηνο

• Διδακτική ενότητα Α1: «Γενικές αρχές Παιδιατρικής Επιδημιολογία/Βασικές Αρχές Δημόσιας Υγείας»
• Διδακτική Ενότητα Α2: «Βιοστατιστική»
• Διδακτική Ενότητα Α3: «Λοιμώξεις ανά συστήματα  - Ειδικές λοιμώξεις»

Β΄ Εξάμηνο

• Διδακτική Ενότητα Β1: «Χημειοθεραπεία-Φαρμακολογία»
• Διδακτική Ενότητα Β2: «Μικροβιολογία-Nοσολογία»
• Διδακτική Ενότητα Β3: «Ανοσοανεπάρκειες-HIV (I)»

Γ΄ Εξάμηνο

• Διδακτική Ενότητα Γ1: «Εμβολιασμοί και Παθητική ανοσοποίηση»
• Διδακτική Ενότητα Γ2: «Ειδικές Ομάδες (ανοσοκατασταλμένοι, έγκυοι, ταξιδιωτική ιατρική, πρόσφυγες)»
• Διδακτική Ενότητα Γ3: «Ανοσοανεπάρκειες-HIV (II)»

Δ΄ Εξάμηνο

Στο τέταρτο εξάμηνο πραγματοποιούν την πρακτική τους άσκηση και παράλληλα εκπονούν την διπλωματική τους εργασία που είναι απαραίτητη για την αποφοίτηση και την απόκτηση του τίτλου σπουδών.

Πρακτική άσκηση

Η πρακτική άσκηση περιλαμβάνει την επίσκεψη σε Μικροβιολογικό Εργαστήριο, σε επιτροπές ελέγχου λοιμώξεων καθώς και σε Κέντρα Δημόσιας Υγείας

Ενότητα Δ1:
Α. Μικροβιολογικό εργαστήριο
Β. Διαγνωστικές   Τεχνικές

Ενότητα Δ2:
A.Έλεγχος νοσοκομειακών λοιμώξεων
Β. Ορθή χρήση αντιβιοτικών

Ενότητα Δ3: Διπλωματική Εργασία