Για την απονομή του μεταπτυχιακού τίτλου στα ενεργειακά συστήματα είναι απαραίτητη η παρακολούθηση και επιτυχής εξέταση σε διδακτικά αντικείμενα 90 διδακτικών μονάδων. Από αυτές τις διδακτικές μονάδες οι 32 αφορούν σε υποχρεωτικά μαθήματα και οι 28 σε μαθήματα επιλογής. Οι υπόλοιπες 30 μονάδες αφορούν στην έρευνα και την προετοιμασία της μεταπτυχιακής διατριβής. Τα μαθήματα διατριβής είναι διαφορετικά για τις δύο κατευθύνσεις του προγράμματος. Για την ολοκλήρωση του προγράμματος, οι υποψήφιοι θα πρέπει να υπερασπιστούν την διατριβή τους προφορικα, σε τριμελή επιτροπή η οποία αποτελείται από τον ακαδημαϊκό υπεύθυνο του υποψηφίου και δύο επιπλέον μέλη ΔΕΠ.

Ο φοιτητής πρέπει να συμπληρώσει επιτυχώς 62 ECTS, από την ακόλουθη λίστα μαθημάτων:

• Εισαγωγή στα Συστήματα Τεχνολογιών Ενέργειας (7 ECTS)
• Ανανεώσιμες Πηγές Ενέργειας (7 ECTS)
• Αειφόρο Δομημένο Περιβάλλον (7 ECTS)
• Ενεργειακός Σχεδιασμός και Έλεγχος Κτιρίων (7 ECTS)
• 1η Σειρά Σεμιναρίων για Μεταπτυχιακούς Φοιτητές (2 ECTS)
• 2η Σειρά Σεμιναρίων για Μεταπτυχιακούς Φοιτητές (2 ECTS)
• Προετοιμασία Μεταπτυχιακής Διατριβής (7 ECTS)
• Μεταπτυχιακή Διατριβή (23 ECTS)

Ο φοιτητής πρέπει να συμπληρώσει επιτυχώς 28 ECTS, από την ακόλουθη λίστα μαθημάτων:

• Ενεργειακή και Περιβαλλοντική Πολιτική (7 ECTS)
• Ενεργειακή Οικονομία (7 ECTS)
• Τεχνολογίες Παραγωγής Ισχύος (7 ECTS) 
• Διαχείριση Ενεργειακής Ζήτησης (7 ECTS)
• Αναζήτηση και Αξιοποίηση Ορυκτών Καυσίμων (Πετρέλαιο, Φυσικό Αέριο) (7 ECTS)
• Περιβαλλοντικές Επιπτώσεις: Νομοθεσία και Πρότυπα (7 ECTS)
• Θέρμανση-Ψύξη-Κλιματισμός και Ενεργειακή Απόδοση (7 ECTS)
• Εργαλεία Εκτίμησης Ενεργειακής Απόδοσης και Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων (7 ECTS)
• Βιοκλιματικός σχεδιασμός και βιοκλιματικές στρατηγικές (7 ECTS)
• Αειφόρος πολεοδομία και αστική ανάπτυξη (7 ECTS)
• Περιβαλλοντικές και βιοκλιματικές στρατηγικές για τις ιστορικές κατασκευές (7 ECTS)