Το πρόγραμμα έχει σκοπό να ετοιμάσει ειδικούς επιστήμονες στη φαρμακοθεραπευτική αγωγή ασθενών των ιδρυμάτων φροντίδας υγείας (νοσοκομεία, κέντρα υγείας, κλινικές), ώστε να επιτυγχάνεται ασφαλής και αποτελεσματική αγωγή. Ο κλινικός φαρμακοποιός θα μπορεί να λειτουργεί ως συνεργάτης του κλινικού ιατρού στην επιλογή του βέλτιστου θεραπευτικού μέσου για συγκεκριμένη περίπτωση. Συντελώντας στην ασφαλή και αποτελεσματική φαρμακευτική αγωγή, που αποτελεί κύριο στόχο της νοσηλείας, ο κλινικός φαρμακοποιός θα μπορεί να συμβάλλει σε θέματα

• επιλογής φαρμάκων
• καθορισμού δόσεων
• αλληλεπιδράσεων φαρμάκων
• ανεπιθύμητων ενεργειών και τοξικότητας τους
• προσδιορισμού επιπέδου φαρμάκων και μεταβολιτών τους σε βιολογικά υγρά για συσχέτιση με τη δόση και θεραπευτική ή τοξική δράση φαρμάκων.

Άλλος κύριος σκοπός του προγράμματος είναι η δημιουργία ειδικών επιστημόνων στην Κλινική Φαρμακευτική, οι οποίοι θα μπορούν να στελεχώσουν άλλους τόπους διακίνησης, χρήσης φαρμάκων, μελέτης φαρμακευτικών προβλημάτων. Παράλληλα, οι κλινικοί φαρμακοποιοί είναι οι πλέον κατάλληλοι επιστήμονες σχετικά με τη χρήση φαρμάκων από ειδικές ομάδες ατόμων όπως υπερήλικες, νεφροπαθείς, εγκύους, θηλάζουσες μητέρες και εξαρτημένα άτομα.