Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) στη «Θρησκευτική Εκπαίδευση και Αγωγή» έχει ως αντικείμενο τη διεπιστημονική μελέτη των Επιστημών της Εκπαίδευσης και Αγωγής, καθώς και των τεχνολογιών της μάθησης, με επίκεντρο τη θρησκευτική εκπαίδευση και αγωγή στο σύγχρονο σχολικό, κοινωνικό και πολιτισμικό περιβάλλον. Σκοπός του ΠΜΣ είναι η παροχή υψηλού επιπέδου μεταπτυχιακής εκπαίδευσης και εξειδίκευσης στο επιστημονικό πεδίο της διεπιστημονικής έρευνας στον κλάδο της Θρησκευτικής Εκπαίδευσης και Αγωγής και γνωστικών αντικειμένων των Επιστημών της Παιδείας.

Το Π.Μ.Σ. «Θρησκευτική Εκπαίδευση και Αγωγή» ανήκει στο πεδίο των Επιστημών της Αγωγής και χορηγεί Παιδαγωγική και Διδακτική Επάρκεια στους αποφοίτους του, σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία.

Κατά τη διάρκεια των σπουδών, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται σε παρακολούθηση και επιτυχή εξέταση μεταπτυχιακών μαθημάτων, ερευνητική απασχόληση και συγγραφή επιστημονικών εργασιών, καθώς και σε εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας.

Τα μαθήματα διεξάγονται στην ελληνική γλώσσα ή την αγγλική γλώσσα.