Το Πρόγραμμα του Π.Μ.Σ. περιλαμβάνει στα τρία (3) πρώτα Εξάμηνα την παρακολούθηση και εξέταση του μεταπτυχιακού φοιτητή σε εννέα (9) δίωρα μεταπτυχιακά μαθήματα, που επιλέγονται από το σύνολο των κατά Εξάμηνο προσφερομένων μαθημάτων, και τη σύνταξη τριών (3) γραπτών ερευνητικών (φροντιστηριακών) εργασιών της Ειδίκευσης πού έχει επιλέξει, ενώ με την έναρξη του τετάρτου (Δ ́) Εξαμήνου αναλαμβάνει ο μεταπτυχιακός φοιτητής την εκπόνηση της Διπλωματικής Εργασίας του.

Τα προσφερόμενα μαθήματα για τα τρία πρώτα εξάμηνα είναι:

Κατεύθυνση 1: Ερμηνευτικής Θεολογίας

Α` Εξάμηνο (τρία από τα παρακάτω)

• Μεθοδολογία της επιστήμης της Καινής Διαθήκης (10 ECTS) 
• Ζητήματα Ερμηνείας και Ερμηνευτικής Καινής Διαθήκης (10 ECTS) 
• Τέκνα Αβραάμ: Χριστιανοί και Ιουδαίοι κατά τους πρώτους αιώνες (10 ECTS) 
• Η ύστερη Εποχή του Χαλκού και η Εποχή του Σιδήρου στη Γη της Παλαιστίνης (10 ECTS) 
• Κριτική του κειμένου της Καινής Διαθήκης (10 ECTS) 
• Θεολογία των βιβλίων των Μακκαβαίων (10 ECTS) 

Β' Εξάμηνο (τρία από τα παρακάτω)

• Βιβλική Αραμαϊκή (10 ECTS)
• Θέματα Παύλειας θεολογίας (10 ECTS) 
• Πατερική Ερμηνευτική (10 ECTS) 
• Προβλήματα Εισαγωγής στην Καινή Διαθήκη (10 ECTS) 
• Τα Χριστολογικά προσωνύμια της Καινής Διαθήκης (10 ECTS) 
• Απόκρυφη Βιβλική Γραμματεία (10 ECTS) 

Γ' Εξάμηνο (τρία από τα παρακάτω) 

• Ερμηνευτικά Προβλήματα στην Παλαιά Διαθήκη (10 ECTS) 
• Χριστολογία και Σωτηριολογία στο κατά Ιωάννην Ευαγγέλιο (10 ECTS) 
• Οικονομική Θεωρία και Ευαγγέλιο (10 ECTS) 
• Naẓirutha: Η μυστική Γνώση και η θεολογία των Μανδαίων (10 ECTS) 
• Μυστική σοφία στον αρχαίο Ιουδαϊσμό και Χριστιανισμό (10 ECTS) 
• Προβλήματα Βιβλικής Θεολογίας (10 ECTS)

Κατεύθυνση 2: Ιστορικής Θεολογίας

Α' Εξάμηνο (τρία από τα παρακάτω) 

• Εκκλησιο-κανονικά ζητήματα της Α ́ Χιλιετίας (10 ECTS) 
• Η ελλαδική ναοδομία κατά τους 13ο και 14ο αιώνες (10 ECTS) 
• Ιστορία Θρησκευμάτων - Ισλάμ (10 ECTS) 
• Εκκλησιαστική λειτουργία και πολιτικός ρόλος του επισκόπου κατά την Ύστερη Αρχαιότητα (10 ECTS)
• Οι Έλληνες Μοναχοί στην Πρεσβυτέρα Ρώμη (10 ECTS) 
• Συνθήκες ανακηρύξεως του αυτοκεφάλου της Εκκλησίας της Ελλάδος (1833-1850) (10 ECTS)

Β' Εξάμηνο (τρία από τα παρακάτω) 

• Ισλαμικός Μυστικισμός (10 ECTS) 
• Η διάδοση του Ησυχασμού στον νοτιοσλαβικό κόσμο (Βουλγαρία και Σερβία) (10 ECTS) 
• Η μεταβυζαντινή μνημειακή ζωγραφική στα Επτάνησα (10 ECTS) 
• Το Οικουμενικό Πατριαρχείο κατά τους τρεις πρώτους αιώνες μετά την Άλωση (10 ECTS) 
• Μεθοδολογία Επιστημονικής Έρευνας στην Ιστορική Θεολογική Επιστήμη (10 ECTS) 
• Ισλάμ και ελληνική πραγματικότητα (10 ECTS) 

Γ' Εξάμηνο (τρία από τα παρακάτω)  

• Εκκλησιο-κανονικά ζητήματα της Β ́ Χιλιετίας (10 ECTS) 
• Η θεολογία της ρωσικής διασποράς και η πρόσληψή της στην ελληνική μεταπολεμική θεολογία (10 ECTS) 
• Ζητήματα Πολιτικής και Θρησκείας στο Βυζάντιο (10 ECTS) 
• Οι Μητροπόλεις του Οικουμενικού Πατριαρχείου μετά την Άλωση (10 ECTS) 
• Χριστιανισμός στην ευρωπαϊκή κοινωνία κατά τον Ύστερο Μεσαίωνα (10 ECTS) 
• Η εκκλησιαστική πολιτική του Ιωάννη Καποδίστρια (10 ECTS) 

Κατεύθυνση 3: Πατερικών Σπουδών, Ιστορίας Δογμάτων και Συμβολικής

Α' Εξάμηνο (τρία από τα παρακάτω)  

• Σχέσεις Ορθοδόξου και Σχολαστικής Θεολογίας στο Βυζάντιο (10 ECTS) 
• Θέματα Τριαδολογικής διδασκαλίας Πατέρων του 4ου και 5ου αι. (10 ECTS)
• Διαμόρφωση δόγματος και διατύπωση αυτού στους τρεις πρώτους αιώνες (10 ECTS) 
• Αντιοχειανή και Αλεξανδρινή θεολογία (10 ECTS) 
• Θέματα Οικουμενικής Κινήσεως Α ́ (10 ECTS) 
• Θέματα Τριαδολογίας Λατίνων Εκκλησιαστικών Συγγραφέων (10 ECTS) 

Β' Εξάμηνο (τρία από τα παρακάτω) 

•  Θέματα Χριστολογικής διδασκαλίας Πατέρων του 4ου και 5ου αι. (10 ECTS) 
• Χριστολογία και Πνευματολογία στη διδασκαλία των Οικουμενικών Συνόδων (10 ECTS) 
• Θέματα Ερμηνείας των Συμβολικών κειμένων (10 ECTS) 
• Θέματα Οικουμενικής Κινήσεως Β ́ (10 ECTS) 
• Θέματα Χριστολογίας Λατίνων Εκκλησιαστικών Συγγραφέων (10 ECTS) 

Γ' Εξάμηνο (τρία από τα παρακάτω)   

• Ειδικά Θέματα αντιρρητικής θεολογίας μετά τον 9ο αι. (10 ECTS) 
• Ειδικά Θέματα Πατερικής Γραμματείας και Θεολογίας (10 ECTS) 
• Ειδικά Θέματα Ιστορίας Δογμάτων (10 ECTS) 
• Ειδικά Θέματα Θεολογίας της Μεταρρυθμίσεως (10 ECTS) 
• Θέματα Ορθοδόξου Θεολογίας και Οικουμενικής Κινήσεως (10 ECTS) 
• Ειδικά Θέματα Λατινικής Εκκλησιαστικής Γραμματείας και Θεολογίας (10 ECTS) 

Κατεύθυνση 4: Συστηματικής Θεολογίας

Α' Εξάμηνο (τρία από τα παρακάτω)   

• Θέματα Συγκριτικής Φιλοσοφίας της Θρησκείας (10 ECTS) 
• Θέματα φιλοσοφίας της Παιδείας και Θρησκειοπαιδαγωγικής (10 ECTS) 
• Διάλογος Θεολογίας, Ψυχολογίας και Ψυχιατρικής (10 ECTS) 
• Ιστορία Χριστιανικής Ηθικής (10 ECTS) 
• Ερμηνεία Δογματικών Κειμένων (10 ECTS) 
• Διάλογος Παιδαγωγικής και Θεολογίας (10 ECTS) 

Β' Εξάμηνο (τρία από τα παρακάτω)  

• Ελληνισμός και Χριστιανισμός (10 ECTS) 
• Βιοηθική: Αρχές, εφαρμογές, ηθικοί προβληματισμοί (10 ECTS) 
• Κοινωνική διδασκαλία της Ορθοδοξίας (10 ECTS) 
• Επιστημολογία Ποιμαντικής Θεολογίας (10 ECTS) 
• Το ρητόν και άρρητον της Θεολογίας (10 ECTS) 
• Θρησκευτική Εκπαίδευση (10 ECTS) 

Γ' Εξάμηνο (τρία από τα παρακάτω)  

• Θρησκεία και Επιστήμη (10 ECTS) 
• Η Παιδεία ως πολιτισμός του προσώπου (10 ECTS) 
• Η Ποιμαντική των Νοσηλευτηρίων (10 ECTS) 
• Ηθική Θεολογία και Ανθρωπολογία των Νηπτικών Πατέρων (10 ECTS) 
• Εκκλησία και Δόγμα (10 ECTS) 
• Κοινωνική Παιδαγωγική και σύγχρονος πολιτισμός (10 ECTS)