Τα μαθήματα οργανώνονται σε εξάμηνα, πραγματοποιούνται σε εβδομαδιαία βάση και διεξάγονται στην ελληνική γλώσσα. 

Η διδασκαλία των μαθημάτων γίνεται δια ζώσης.

Κατά τη διάρκεια των σπουδών, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές υποχρεούνται σε παρακολούθηση και επιτυχή εξέταση μεταπτυχιακών μαθημάτων, σε ερευνητική απασχόληση και συγγραφή επιστημονικών εργασιών, καθώς και σε εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας.

Τα προσφερόμενα μαθήματα είναι δώδεκα (12), με συνολικό αριθμό ECTS ογδόντα πέντε (85). Σε αυτά περιλαμβάνονται 10 υποχρεωτικά μαθήματα με 7,5 ECTS το καθένα και 2 μαθήματα κατ’ επιλογήν υποχρεωτικά με 5 ECTS το καθένα. Η πρακτική άσκηση αντιστοιχεί σε 20 ECTS και η διπλωματική εργασία αντιστοιχεί σε 15 ECTS.

Τα 12 μαθήματα θα διδάσκονται στα τρία πρώτα εξάμηνα, ενώ το τέταρτο αφιερώνεται στη συγγραφή της διπλωματικής εργασίας, η επίβλεψη της οποίας ανατίθεται σε τριμελή επιτροπή με απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος.

Το ενδεικτικό πρόγραμμα των μαθημάτων για το Π.Μ.Σ. «Ειδική Αγωγή και Εκπαίδευση» διαμορφώνεται ως εξής:

Α’ Εξάμηνο

• Σύγχρονα θέματα ειδικής αγωγής (7,5 ECTS)
• Μεθοδολογία έρευνας (7,5 ECTS)
• Ψυχοπαιδαγωγική (7,5 ECTS)
• Διδακτική μεθοδολογία και πρακτική άσκηση Ι (7,5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β’ Εξάμηνο

• Ψυχικές διαταραχές παιδιών και εφήβων (7,5 ECTS)
• Προγράμματα πρόληψης και παρέμβασης (7,5 ECTS)
• Διαταραχή αυτιστικού φάσματος: Ψυχολογική και εκπαιδευτική προσέγγιση (7,5 ECTS)
• Συμβουλευτική, επαγγελματικός προσανατολισμός και αποκατάσταση στην ειδική αγωγή (7,5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Γ’ Εξάμηνο

• Διαφοροποίηση σχολικού προγράμματος για παιδιά με ειδικές μαθησιακές δυσκολίες και νοητική αναπηρία (7,5 ECTS)
• Νευροεπιστήμες και Ειδική Αγωγή (7,5 ECTS)
• Δύο κατ’ επιλογήν υποχρεωτικά μαθήματα* (2x5=10 ECTS)
• Εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας Ι (5 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Δ’ Εξάμηνο

• Εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας ΙΙ (10 ECTS)
• Πρακτική άσκηση (20 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

*Μαθήματα κατ’ επιλογήν υποχρεωτικά (επιλέγονται δύο):

1. Αισθητηριακές και κινητικές αναπηρίες.
2. Αγωγή λόγου-Λογοθεραπεία - Διαταραχές λόγου και ομιλίας.
3. Ψυχοκοινωνικά προβλήματα: Πρόληψη και συμβουλευτική.
4. Στατιστική με τη χρήση λογισμικού.
5. Οργανωσιακή Ψυχολογία και θέματα διοίκησης στην Ειδική Αγωγή.
6. Τεχνολογίες της Πληροφορίας και της Επικοινωνίας στην Ειδική Αγωγή. 
7. Χαρισματικοί και ταλαντούχοι μαθητές - Υψηλές νοητικές ικανότητες.
8. Κοινωνιολογία ΑΜΕΑ.

Η ανακατανομή των μαθημάτων στα εξάμηνα γίνεται με εισήγηση της Συντονιστικής Επιτροπής και απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος.