Ο κύριος σκοπός του Π.Μ.Σ. Διοίκησης Μονάδων Υγείας είναι η προετοιμασία στελεχών με γνώσεις και ικανότητες ώστε να διοικήσουν αποτελεσματικά μονάδες υγείας. Μέσω της εκπαίδευσης οι απόφοιτοι θα αποκτήσουν τις αναγκαίες δεξιότητες ώστε να μπορούν να διαμορφώνουν και να λαμβάνουν αποφάσεις ορθολογικά θεμελιωμένες και κοινωνικοπολιτιστικά αποδεκτές. Πρόσθετος σκοπός του ΠΜΣ είναι η προαγωγή της επιστήμης και της έρευνας στον χώρο της υγείας και των υπηρεσιών υγείας και η καλλιέργεια διεπιστημονικής προσέγγισης στα θέματα αυτά.

Γνωστικό Αντικείμενο του ΠΜΣ είναι η σύγχρονη Διοίκηση Μονάδων Υγείας και συγκεκριμένα η διεπιστημονικότητα στη θεώρηση της υγείας και της ασθένειας, προκειμένου να συνεκτιμώνται οι διοικητικές, οικονομικές και ψυχοκοινωνικές πτυχές της παροχής υπηρεσιών υγείας .