Το σύνολο των Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του ΜΔΕ ανέρχεται σε εκατόν είκοσι (120). 
Τα προσφερόμενα μαθήματα διακρίνονται σε μαθήματα Κορμού, σε μαθήματα Κατεύθυνσης και σε μαθήματα Ελεύθερης Επιλογής. Κατά τη διάρκεια των σπουδών κάθε φοιτητής υποχρεούται να παρακολουθήσει τρία (3) μαθήματα κορμού, τρία (3) μαθήματα κατεύθυνσης και δύο (2) ή τέσσερα (4) μαθήματα ελεύθερης επιλογής. 
Η Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (ΜΔΕ) εκπονείται στο τρίτο (Γ) εξάμηνο σπουδών. Σε περίπτωση που ο φοιτητής/τρια δεν επιλέξει να πραγματοποιήσει ΜΔΕ υποχρεούται να παρακολουθήσει δύο (2) πρόσθετα μαθήματα επιλογής στο αντίστοιχο (Γ) εξάμηνο. 
Η πρακτική άσκηση υλοποιείται στο τέταρτο (Δ΄) εξάμηνο σε δομές ειδικής εκπαίδευσης. 
Το ήμισυ των εισακτέων φοιτητών εγγράφονται στο Τμήμα Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης και αντίστοιχα το ήμισυ αυτών εγγράφονται στο Τμήμα Επιστημών Ζωής και Υγείας του Πανεπιστημίου Λευκωσίας. 
Το πρόγραμμα των μαθημάτων διαμορφώνεται ανά εξάμηνο ως εξής: 

Α΄ ΕΞΑΜΗΝΟ ΜΑΘΗΜΑΤΑ (κορμού) ECTS

Κάθε φοιτητής υποχρεούται να παρακολουθήσει τρία (3) μαθήματα κορμού στο Α΄ εξάμηνο, τα εξής:

• Ειδική Εκπαίδευση Ατόμων με Μειονεξίες και Αναπηρίες 10
• Θεωρίες Ειδικής Φυσικής Αγωγής και της Ψυχοκινητικής 10
• Μεθοδολογία Έρευνας στην Ειδική Φυσική Αγωγή 10 Σύνολο ECTS Α΄ Εξαμήνου 30

Β΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

Στο Β΄ εξάμηνο, σε κάθε κατεύθυνση, κάθε φοιτητής υποχρεούται να παρακολουθήσει τρία (3) μαθήματα κατεύθυνσης. Τα μαθήματα ανά κατεύθυνση είναι τα εξής:

ΜΑΘΗΜΑΤΑ κατεύθυνσης «Ειδική Φυσική Αγωγή στην Εκπαίδευση» /ECTS

• Εφαρμοσμένη Ψυχολογία στην Ειδική Φυσική Αγωγή 10
• Αξιολόγηση στην Ειδική Φυσική Αγωγή και στην Ψυχοκινητική 10
• Σχεδιασμός Παρεμβατικών Προγραμμάτων στην Ειδική Φυσική Αγωγή και στην Ψυχοκινητική 10

Σύνολο ECTS Β΄ Εξαμήνου 30

ΜΑΘΗΜΑΤΑ κατεύθυνσης «Αναψυχή και Αθλητισμός στα Άτομα με Αναπηρία» ECTS

• Κοινωνιοδυναμικές Σχέσεις στο Χώρο των Ατόμων με Αναπηρία 10
• Άσκηση και Αθλητικοί Τραυματισμοί στα Άτομα με Αναπηρία 10
• Αναψυχή και Αθλητισμός σε Άτομα με Αναπηρία 10

Σύνολο ECTS Β΄ Εξαμήνου 30

Γ΄ ΕΞΑΜΗΝΟ ΜΑΘΗΜΑΤΑ/ECTS

Στο Γ εξάμηνο, κάθε φοιτητής, ανεξαρτήτως κατεύθυνσης, υποχρεούται να υλοποιήσει Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (διατριβή) και να παρακολουθήσει ένα (1) μάθημα ελεύθερης επιλογής. Δίνεται η δυνατότητα στο φοιτητή να αντικαταστήσει την εκπόνηση της ΜΔΕ με την παρακολούθηση δύο (2) μαθημάτων ελεύθερης επιλογής

• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία 20  (  ή 2 Μαθήματα Ελεύθερης Επιλογής από 10 ECTS το καθένα- σύνολο 20)
• Μάθημα ελεύθερης επιλογής 10

Σύνολο ECTS Γ΄ Εξαμήνου 30

Δ΄ ΕΞΑΜΗΝΟ

Στο Δ΄ εξάμηνο, κάθε φοιτητής, ανεξαρτήτως κατεύθυνσης, υποχρεούται να υλοποιήσει πρακτική άσκηση, και να παρακολουθήσει ένα (1) μάθημα ελεύθερης επιλογής. Η Πρακτική Άσκηση υλοποιείται σε δομές ειδικής εκπαίδευσης στην Ελλάδα ή στην Κύπρο.

ΜΑΘΗΜΑΤΑ/ECTS

• Πρακτική άσκηση 20
• Μάθημα ελεύθερης επιλογής 10

Σύνολο ECTS Δ΄ Εξαμήνου 30

ΜΑΘΗΜΑΤΑ ΕΛΕΥΘΕΡΗΣ ΕΠΙΛΟΓΗΣ

ΜΑΘΗΜΑΤΑ προσφερόμενα στο Γ΄ εξάμηνο/ECTS

• Χρόνιες Παθήσεις και Άσκηση 10
• Διαταραχές της Κινητικής Συναρμογής − Ανάπτυξης 10
• Κινητική Μάθηση στην Ειδική Φυσική Αγωγή 10

ΜΑΘΗΜΑΤΑ προσφερόμενα στο Δ΄ εξάμηνο ECTS

• Υποστηρικτική Τεχνολογία και Άτομα με Αναπηρία 10
• Συμβουλευτική στην Αναπηρία 10
• Πρακτικές της Ψυχοκινητικής Παρέμβασης 10

Η γλώσσα διδασκαλίας όλων των μαθημάτων καθώς και η συγγραφή της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας είναι η Ελληνική ή/και η Αγγλική. Με απόφαση του Συντονιστικού Οργάνου του Π.Μ.Σ. και έγκριση των αρμοδίων οργάνων μπορεί να γίνεται τροποποίηση του προγράμματος των μαθημάτων και ανακα− τανομή μεταξύ των εξαμήνων. Άρθρο