Κάθε διδακτικό εξάμηνο περιλαμβάνει 13 πλήρεις διδακτικές εβδομάδες. Στα 2 πρώτα εξάμηνα ο φοιτητής υποχρεούται να παρακολουθήσει με επιτυχία 8 μαθήματα (4 μαθήματα στο 1ο εξάμηνο και 4 μαθήματα στο 2ο εξάμηνο), καθένα από τα οποία αντιστοιχεί σε επτάμιση (7,5) πιστωτικές μονάδες (ECTS). Σε κάθε εξάμηνο υπάρχουν 2 υποχρεωτικά μαθήματα και 2 επιλογής. Τα μαθήματα επιλογής προκύπτουν από ένα σύνολο 7 μαθημάτων ανά εξάμηνο.

Η διπλωματική εργασία ισοδυναμεί με 30 διδακτικές μονάδες. Τα μαθήματα περιλαμβάνουν θεωρητική και εργαστηριακή διδασκαλία ως μια ενιαία εκπαιδευτική ενότητα. Το Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Σπουδών απονέμεται μετά τη συμπλήρωση 90 διδακτικών μονάδων. Επίσης προβλέπεται η συμμετοχή των μεταπτυχιακών φοιτητών σε σεμινάρια, workshops, ημερίδες, συνέδρια και επισκέψεις σε σχετικούς χώρους εργασίας.

Το πλήθος των προσφερόμενων μαθημάτων καθώς και το περιεχόμενό τους αποτελούν τακτικά αντικείμενο επικαιροποίησης από τη Συνέλευση του Τμήματος, προκειμένου το προσφερόμενο πρόγραμμα σπουδών να ανταποκρίνεται κάθε φορά στις εξελίξεις της Επιστήμης των Τεχνολογιών παραγωγής και διοίκησης αλλά και της αγοράς εργασίας. Μέρος μαθημάτων δύνανται μετά από απόφαση της Συνέλευσης να διεξάγονται έως ποσοστό 30% του φόρτου τους μέσω τεχνολογιών εξ αποστάσεως εκπαίδευσης.

Τα μαθήματα του προγράμματος με τις αντίστοιχες πιστωτικές μονάδες περιγράφονται παρακάτω:

1ο εξάμηνο

• Αρχές αυτομάτου ελέγχου (7,5 ECTS)
• Συλλογή και επεξεργασία δεδομένων (7,5 ECTS)
• Επιλογής 1 (7,5 ECTS)
• Επιλογής 2 (7,5 ECTS)

Μαθήματα Επιλογής 1ου Εξαμήνου

• Γεωργία και κτηνοτροφία ακριβείας (7,5 ECTS)
• Ηλεκτροκίνηση (7,5 ECTS)
• Ρομποτική (7,5 ECTS)
• Ανάστροφη Μηχανική (7,5 ECTS)
• Τεχνολογίες συντήρησης (7,5 ECTS)
• Συσκευές και διατάξεις βιομηχανικής παραγωγής (7,5 ECTS)
• Τεχνολογίες Αιχμής στη Διαχείριση Εφοδιαστικής Αλυσίδας (7,5 ECTS​​​​​​​)

​​​​​​​2ο εξάμηνο

• Συστήματα Μηχατρονικής (7,5 ECTS​​​​​​​)
• Διαχείριση ενέργειας (7,5 ECTS​​​​​​​)
• Επιλογής 1 (7,5 ECTS​​​​​​​)
• Επιλογής 2 (7,5 ECTS​​​​​​​)

Μαθήματα Επιλογής 2ου Εξαμήνου

• Συστήματα αυτοματοποίησης στη βιομηχανία τροφίμων (7,5 ECTS​​​​​​​)
• Περιβαλλοντικές τεχνολογίες (7,5 ECTS​​​​​​​)
• Εφαρμοσμένα συστήματα μηχανικών κατεργασιών (7,5 ECTS​​​​​​​)
• Έλεγχος διεργασιών (7,5 ECTS​​​​​​​)
• Συστήματα παραγωγής (7,5 ECTS​​​​​​​)
• Εφαρμοσμένη Πληροφορική και Διαχείριση Μεγάλου Όγκου Δεδομένων (7,5 ECTS​​​​​​​)
• Βιοϊατρική τεχνολογία (7,5 ECTS​​​​​​​)

3ο εξάμηνο

• Διπλωματική Εργασία (30 ECTS​​​​​​​)