Τα μαθήματα που προσφέρονται είναι εξαμηνιαίας διάρκειας με τρεις ώρες διδασκαλίας ανά εβδομάδα, διακρίνονται σε δύο κατηγορίες (κορμού και επιλογής), και το σύνολο των απαιτούμενων για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. πιστωτικών μονάδων ECTS είναι 90.

Τα μαθήματα, η διδακτική και ερευνητική απασχόληση, οι εργαστηριακές ασκήσεις και κάθε άλλες εκπαιδευτικές και ερευνητικές δραστηριότητες για την απονομή του Μ.Δ.Ε. θα είναι ως εξής:

α) Υποχρεωτικά μαθήματα: ECTS 30

β) Υποχρεωτικά μαθήματα επιλογής: ECTS 15

γ) Μαθήματα επιλογής: ECTS 30

δ) Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία: ECTS 15

Το πρόγραμμα μαθημάτων με τις αντίστοιχες πιστωτικές μονάδες έχει ως εξής:

Α' Εξάμηνο 

• Εργαλεία Προγραμματισμού (7,5 ECTS)
• Ανάλυση και επεξεργασία δεδομένων με χρήση Matlab (7,5 ECTS) 
• Υπολογιστικά Μαθηματικά Ι (7,5 ECTS) 
• Γλώσσες Προγραμματισμού (7,5 ECTS) 

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο 

Δύο από τα παρακάτω

• Υπολογιστικός Ηλεκτρομαγνητισμός και Εφαρμογές (7,5 ECTS) 
• Υπολογιστική Κβαντική Φυσική και Εφαρμογές (7,5 ECTS) 
• Υπολογιστική αστροδυναμική (7,5 ECTS) 
• Υπολογιστική στατιστική φυσική και εφαρμογές (7,5 ECTS)  

και δύο μαθήματα επιλογής (2 Χ 7,5 ECTS) 

Σύνολο 30 ECTS

Γ' Εξάμηνο 

• Δύο μαθήματα επιλογής (2 Χ 7,5 ECTS) 
• Διπλωματική Εργασία (15 ECTS) 

Σύνολο 30 ECTS 

Μαθήματα επιλογής 

• Υπολογιστική Πυρηνική Φυσική
• Υπολογιστική Φυσική Στερεάς Κατάστασης
• Προσομοίωση χαοτικών συστημάτων
• Υπολογιστική βιοφυσική
• Υπολογιστικά πρότυπα φυσικής του περιβάλλοντος
• Υπολογιστική φυσική στοιχειωδών σωματιδίων και προσομοίωση ανιχνευτών
• Υπολογιστικές μέθοδοι οικονομικής φυσικής
• Υπολογιστικές μέθοδοι εφαρμοσμένης Φυσικής
• Ηλεκτροδυναμική
• Μη- γραμμική δυναμική
• Πυρηνική Φυσική
• Κβαντομηχανική
• Αστροφυσική
• Μαθηματικές μέθοδοι φυσικής
• Φυσική στοιχειωδών σωματιδίων
• Εκπαιδευτικές εφαρμογές υπολογιστικής Φυσικής
• Γραφικά OpenGL
• Πολυμέσα με εφαρμογές στην εκπαιδευτική τεχνολογία
• Προγραμματισμός ΙΙ
• Υπολογιστικά μαθηματικά II
• Κβαντική Πληροφορία και Επεξεργασία
• Θεωρία Πληροφορίας και Δίκτυα
• Πρακτική Άσκηση

Τα μαθήματα μπορούν να αλλάζουν/αναδιαμορφώνονται ή να ανακατανέμονται με εισήγηση της Συντονιστικής Επιτροπής του ΠΜΣ και απόφαση της Συνέλευσης του Τμήματος και έγκριση της Συγκλήτου του ΑΠΘ.

Oι μεταπτυχιακοί φοιτητές έχουν τη δυνατότητα να επιλέξουν τα μαθήματα επιλογής και από τη λίστα των υποχρεωτικών μαθημάτων επιλογής. Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές μπορούν, ως μαθήματα επιλογής και μετά από σχετική έγκριση του Διευθυντή του ΠΜΣ να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν σε δύο το πολύ μαθήματα σχετικά με αυτά του παρόντος ΠΜΣ, που προσφέρονται από άλλα ΠΜΣ του ΑΠΘ, ή άλλων αναγνωρισμένων πανεπιστημίων της ημεδαπής ή της αλλοδαπής.

Η κύρια γλώσσα διδασκαλίας των μαθημάτων είναι η ελληνική ή κατ’ εξαίρεση η Αγγλική στην περίπτωση προσκεκλημένου διδάσκοντα από την αλλοδαπή. Η γλώσσα και εκπόνησης της διπλωματικής εργασία μπορεί να είναι η Ελληνική ή η Αγγλική.