Το Π.Μ.Σ. διαρθρώνεται σε τρία (3) εξάμηνα. Στο πρώτο (Α’ ) εξάμηνο διδάσκονται τέσσερα (4) μαθήματα επιλογής των δέκα (10) πιστωτικών μονάδων (ECTS) το καθένα, από τα οποία οι Μεταπτυχιακοί Φοιτητές (Μ.Φ.) επιλέγουν τα τρία (3).

Στο δεύτερο (Β’ ) εξάμηνο διδάσκονται τέσσερα (4) μαθήματα επιλογής των δέκα (10) ECTS το καθένα, από τα οποία οι Μ.Φ. επιλέγουν τα τρία (3).
Στο τρίτο (Γ’ ) εξάμηνο εκπονείται Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (Μ.Δ.Ε.), η οποία αντιστοιχεί σε τριάντα (30) ECTS.

Η επίσημη γλώσσα διεξαγωγής του προγράμματος είναι η ελληνική και σε ειδικές μόνο περιπτώσεις η αγγλική μετά από αιτιολογημένη απόφαση της Συντονιστικής Επιτροπής του Π.Μ.Σ.

Α Εξάμηνο

• Σύγχρονες Μέθοδοι στην Οργανική Σύνθεση 10 ECTS
• Φασματοσκοπία Οργανικών Ενώσεων 10 ECTS
• Χημεία Οργανικών Υλικών και Κατάλυση 10 ECTS
• Σύγχρονες Μέθοδοι στη Σύνθεση και τον Χαρακτηρισμό Ανόργανων Ενώσεων και Υλικών 10 ECTS

Β Εξάμηνο

• Σύνθεση Φυσικών Προϊόντων - Εφαρμογές στη Βιομηχανία 10 ECTS
• Φαρμακευτική Χημεία Βιοδραστικών Ενώσεων 10 ECTS
• Βιοχημικές Μέθοδοι Μελέτης Βιοδραστικών Ενώσεων 10 ECTS
• Σύγχρονες Εφαρμογές Ανόργανων Ενώσεων και Υλικών 10 ECTS

Γ Εξάμηνο

• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία 10 ECTS

Σύνολο 90 ECTS