Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων (ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) είναι 120 ECTS.

Στο 1ο εξάμηνο διδάσκονται τέσσερα υποχρεωτικά μαθήματα. Στο 2ο εξάμηνο διδάσκονται τέσσερα (4) υποχρεωτικά μαθήματα. Στο 3ο εξάμηνο οι φοιτητές καλούνται να επιλέξουν εξειδίκευση, είτε στην Ιστορία της Ιατρικής, είτε στη Βιολογική Ανθρωπολογία και διδάσκονται τα τέσσερα (4) αντίστοιχα υποχρεωτικά μαθήματα. Στο 4ο εξάμηνο οι φοιτητές εκπονούν τη Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία.

Το αναλυτικό πρόγραμμα μαθημάτων ανά εξάμηνο διαμορφώνεται ως εξής:

Α' Εξάμηνο (Υποχρεωτικά) 

• Μεθοδολογία στην Ιστορία της Ιατρικής - Ιατρική ιστοριογραφία 7,5 
• Εισαγωγή στην αρχαία ιατρική 7,5 
• Βιολογική ανθρωπολογία: μεθοδολογία 7,5
• Ανατομία-Οστεολογία 7,5 

(Σύνολο 30) 

Β’ Εξάμηνο (Υποχρεωτικά) 

• Ιστορική νοσολογία και επιδημιολογία 7,5
• Διαχείριση πόνου στην ιστορία 7,5
• Παλαιοπαθολογία: τεχνικές και πρακτική 7,5
• Ποσοτικές και ποιοτικές μέθοδοι έρευνας στις κοινωνικές επιστήμες 7,5 

(Σύνολο 30)  

Γ' Εξάμηνο - Κατεύθυνση Ιστορία της Ιατρικής 

• Κειμενική μελέτη ελληνικής ιατρικής από την αρχαιότητα μέχρι το Βυζάντιο 7,5
• Νεότερη ιστορία ιατρικής με έμφαση στον ελληνικό χώρο 7,5
• Ειδικά θέματα στην ιστορία της ιατρικής 7,5 
• Ιστορία Δημόσιας Υγείας 7,5 

(Σύνολο 30) 

Γ' Εξάμηνο - Κατεύθυνση Βιολογική Ανθρωπολογία 

• Παλαιογενετική 7,5
• Ταφονομία και Ταφική αρχαιολογία 7,5
• Εξέλιξη του ανθρώπου 7,5
• Ειδικά θέματα παλαιοδιατροφής, παλαιοπαθολογίας και παλαιοδημογραφίας 7,5 

(Σύνολο 30) 

Δ' Εξάμηνο

• Εκπόνηση, συγγραφή και παρουσίαση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας 30

(Σύνολο 30) 

Γλώσσα διδασκαλίας ορίζεται η ελληνική, εκτός των περιπτώσεων κατά τις οποίες καλούνται μέλη ΔΕΠ Πανεπιστημίων της αλλοδαπής ή αλλοδαποί ειδικοί επιστήμονες για διαλέξεις ή σεμινάρια, οπότε η διδασκαλία δύναται να γίνεται στην αγγλική γλώσσα.

Ως γλώσσα εκπόνησης της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας ορίζονται η ελληνική και η αγγλική.