Το Π.Μ.Σ. διαρθρώνεται σε τρία (3) εξάμηνα και πιστώνεται συνολικά με 90 ECTS σύμφωνα με το Ευρωπαϊκό Σύστημα Πιστωτικών Μονάδων. Στο Α΄ εξάμηνο διδάσκονται τρία (3) υποχρεωτικά μαθήματα, που αντιστοιχούν σε δέκα (10) πιστωτικές μονάδες/μάθημα. (Σημειώνεται ότι κάθε εξάμηνο αντιστοιχεί σε 30 ECTS). Στο Β΄ εξάμηνο διδάσκεται ένα (1) υποχρεωτικό μάθημα, που αντιστοιχεί σε δέκα (10) πιστωτικές μονάδες. Στο Β΄ εξάμηνο εκπονείται το πρώτο στάδιο της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας Ι που αντιστοιχεί σε είκοσι (20) πιστωτικές μονάδες. Στο Γ΄ εξάμηνο εκπονείται το δεύτερο στάδιο της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας ΙΙ , που αντιστοιχεί σε τριάντα (30) πιστωτικές μονάδες.

Συνοπτικά το πρόγραμμα σπουδών περιλαμβάνει τα παρακάτω μαθήματα:

Α' Εξάμηνο

• Ορθολογικός Σχεδιασμός Φαρμάκων (10 ECTS)
• Μοριακή Φαρμακολογία (10 ECTS)
• Φαρμακευτική Βιοτεχνολογία-Βιολογικά Φάρμακα (10 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Β' Εξάμηνο

• Μεθοδολογία Ανάπτυξης Φαρμακομορίων (10 ECTS)
• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία Ι (20 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Γ' Εξάμηνο

• Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία ΙΙ (30 ECTS)

Σύνολο 30 ECTS

Γενικό Σύνολο 90 ECTS