Προκήρυξη:

Το Τμήμα Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας (ΤΒΒ) του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας προκηρύσσει μία (1) θέση υποψηφίου διδάκτορα για εκπόνηση διατριβής στο Εργαστήριο Βιοτεχνολογίας Φυτών και Περιβάλλοντος, με επιβλέποντα τον Αναπληρωτή Καθηγητή Δημήτριο Καρπούζα στη θεματική ενότητα: «ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΜΙΚΡΟΒΙΟΛΟΓΙΑ και ΒΙΟΤΕΧΝΟΛΟΓΙΑ» με θέμα: «Μελέτη της αποτελεσματικότητας και του μηχανισμούς δράσης του ethoxyquin και των οξειδωμένων παραγωγών του ως παρεμποδιστές της νιτροποίησης».

Σύντομη Περιγραφή: Η χρήση των παρεμποδιστών νιτροποίησης αποτελεί ένα σημαντικό μέτρο για την βέλτιστη αξιοποίηση του αζώτου του εδάφους από τις καλλιέργειες και περιορισμό των απωλειών αζώτου που δημιουργούν περιβαλλοντικά προβλήματα. Σήμερα οι παρεμποδιστές νιτροποίησης που υπάρχουν στην αγορά εμφανίζουν εκλεκτική δράση έναντι των νιτρωδοποιητικών βακτηρίων ή αρχαίων ενώ έλαχιστα είναι γνωστά για την δράση τους έναντι των Comammox. Προηγούμενες μελέτες από την ερευνητική ομάδα του Παν. Θεσσαλίας ανέδειξαν την παρεμποδιστική δράση της ουσίας ethoxyquin, που χρησιμοποιείται ως συντηρητικό στα συσκευαστήρια φρούτων, έναντι των νιτρωδοποιητικών βακτηρίων και αρχαίων. Στην παρούσα διατριβή θα μελετηθεί σε βάθος η δράση του αντιοξειδωτικού ethoxyquin και των οξειδωμένων παραγώγων του, quinone imine και ethoxyquinoline, που σχηματίζονται στο έδαφος,  ως παρεμποδιστές της νιτροποίησης. Θα πραγματοποιηθούν in vitro δοκιμές έναντι σειράς νιτρωδοποιητικών βακτηρίων και αρχαίων σε αντιπαραβολή με την δράση καθιερωμένων παρεμποδιστών νιτροποίησης. Παράλληλα θα αξιολογηθεί και ο μηχανισμός παρεμπόδισης της νιτροποίησης στα νιτρωδοποιητικά βακτήρια και αρχαία μέσω μεταγραφομικής και πρωτεομικής ανάλυσης. Πειράματα σε διάφορα εδάφη και υπό διάφορες συνθήκες θα αξιολογήσουν την υπολειμματικότητα και την δράση των παραπάνω ουσιών ως παρεμποδιστές νιτροποίησης, το εύρος δράσης τους, και πιθανές ανεπιθύμητες επιδράσεις σε οργανισμούς μη στόχους με την χρήση μοριακών εργαλείων. Η ολοκλήρωση της διατριβής αναμένεται να οδηγήσει στην ανάδειξη ενός νέου παρεμποδιστή νιτροποίησης με υψηλή και καθολική δράση έναντι των νιτροδωποιητικών μικροοργανισμών. Στο πλαίσιο του διδακτορικού ο ΥΔ θα εκπαιδευτεί σε τεχνικές ενόργανης ανάλυσης, μικροβιολογίας και μοριακής βιολογίας, ομικής και βιοπληροφορικής ενώ θα έχει την δυνατότητα να εργαστεί, στο πλαίσιο σύντομων επιστημονικών επισκέψεων σε εργαστήρια του εξωτερικού που συνεργάζονται με το Παν. Θεσσαλίας στην παρούσα διδακτορική διατριβή.

Οι υποψήφιοι θα πρέπει να έχουν τα εξής απαιτούμενα προσόντα:

1. Πτυχίο Βιολογικών Επιστημών (Βιολογίας, Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας, Μοριακής Βιολογίας κτλ) ή παρεμφερών αντικειμένων (Μηχανικών Περιβάλλοντος, Γεωπόνων) συνοδευόμενο από αντίστοιχο πιστοποιητικό αναλυτικής βαθμολογίας
2. Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης στην Μοριακή Βιολογία ή Βιοτεχνολογία ή άλλο παρεμφερές αντικείμενο, συνοδευόμενο από αντίστοιχο πιστοποιητικό αναλυτικής βαθμολογίας. Σε περίπτωση που ο/η υποψήφιος δεν έχει ολοκληρώσει το μεταπτυχιακό θα πρέπει να καταθέσει πιστοποιητικό αναλυτικής βαθμολογίας και βεβαίωση της γραμματείας ότι έχει ολοκληρώσει επιτυχώς την εξέταση στα μαθήματα και απομένει μόνο η κατάθεση και/ή εξέταση της μεταπτυχιακής διατριβής
3. Καλή γνώση της Αγγλικής γλώσσας.

Παράλληλα, συνεκτιμώνται και τα εξής επιθυμητά προσόντα:

1. Γνώσεις τεχνικών μικροβιολογίας και καλλιέργειας μικροοργανισμών σε εκλεκτικά θρεπτικά μέσα
2. Βασικές γνώσεις τεχνικών μοριακής βιολογίας (PCR, q-PCR, εξαγωγή DNA από ιστούς και περιβαλλοντικά δείγματα, ηλεκτροφόρηση αγαρόζης)
3. Επιθυμητή η εμπειρία στην ενόργανη ανάλυση περιβαλλοντικών δειγμάτων για οργανικούς ρύπους
4. Δημοσιεύσεις σε επιστημονικά περιοδικά ή παρουσιάσεις σε επιστημονικά συνέδρια αποτελούν ιδιαίτερα θεμιτά προσόντα και θα συνεκτιμηθούν θετικά ως αποδεικτικά των γνώσεων που απαιτούνται παραπάνω
5. Συστατικές επιστολές από ερευνητικά ιδρύματα ή ΑΕΙ που να βεβαιώνουν την ερευνητική ικανότητα του υποψηφίου

Οι υποψήφιοι θα πρέπει να καταθέσουν:

1. Έντυπη  Αίτηση (σε ειδικό έντυπο που υπάρχει στην ιστοσελίδα του Τμήματος στη διαδρομή ΔΙΔΑΚΤΟΡΙΚΟ ΔΙΠΛΩΜΑ)
2. Αναλυτικό βιογραφικό σημείωμα, στο οποίο θα περιλαμβάνονται στοιχεία για τις σπουδές, την επιστημονική και ερευνητική δραστηριότητα των υποψηφίων
3. Παντός είδους δικαιολογητικά που να τεκμηριώνουν τα ανωτέρω απαιτούμενα και επιθυμητά προσόντα.
4. Προσχέδιο διδακτορικής διατριβής (3-6 σελίδες), δηλαδή σύντομη περιγραφή του ερευνητικού έργου που θα εκπονηθεί, συμπεριλαμβανομένων των στόχων και της μεθοδολογίας.

Η κατάθεση δικαιολογητικών ορίζεται από 20 Ιουλίου 2018 έως 10 Σεπτεμβρίου 2018. Η συγκεκριμένη διδακτορική διατριβή θα χρηματοδοτηθεί στο πλαίσιο του έργου ΕΛΙΔΕΚ με τίτλο «Looking up for Novel nITRification Inhibitors: New stories with old Compounds (NITRIC)» που έχει επιλεγεί προς χρηματοδότηση και υλοποιείται στο Εργαστήριο Βιοτεχνολογίας Φυτών και Περιβάλλοντος του Τμήματος Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλία. Η εγκεκριμένη χρηματοδότηση για την υπό προκήρυξη θέση είναι για διάστημα 24 μηνών με δυνατότητα επέκτασης για 36 μήνες.

Οι ενδιαφερόμενοι μπορούν να καταθέσουν ή να αποστείλουν με οποιονδήποτε τρόπο, αλλά με δική τους αποκλειστικά ευθύνη για την εμπρόθεσμη κατάθεση υποβολής υποψηφιότητας, την αίτηση μαζί με όλα τα σχετικά δικαιολογητικά στη διεύθυνση: Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, Τμήμα Βιοχημείας & Βιοτεχνολογίας, Τ.Κ.: 41500-Βιόπολις (Υπ’ όψη του Αναπληρωτή Καθηγητή Δημητρίου Καρπούζα με την επισήμανση: για τους υποψηφίους διδάκτορες).

Για περισσότερες πληροφορίες απευθυνθείτε στον Αναπληρωτή Καθηγητή Δημήτριο Καρπούζα (e-mail: dkarpouzas@bio.uth.gr, τηλέφωνο: 2410-565294) ή στην Μεταδιδακτορική Ερευνήτρια Δρ Ευαγγελία Παπαδοπούλου (email evapapadopoulou@uth.gr).

Ο Πρόεδρος του Τμήματος

Καθηγητής Κων/νος Ματθιόπουλος